博文
- 置顶 · bioconda中国镜像(清华，中科大腾讯源均已失效)
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- bioconda是conda上一个分发生物信息软件的频道，现在已经有超过2700款软件。由于国内没有基镜像，下载安装生物信息软件速度十分缓慢，经常中断，生物信息人迫切需要一个国内镜像。Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software。 201 ...
- QIIME2学习笔记（二）
- 导入数据之后便是质控了。 这次不用测试数据了，用实际数据跑一下，所以同样重复之前的步骤，把fastq文件压缩下，然后，生成样本数据列表（ps.不知道fastq文件不压缩可不可以用，有空试下）。依然参考自上篇的统计咨询公众号的文章代码如下： 主要作用是去除低质量序列、嵌合体；再生成OTU表，现在叫Feature表 ...
- qiime2学习笔记（一）
- 最近学习肠道微生物方面的知识，有一部分测序数据需要学习分析。鉴于qiime已经升级为qiime2，还有了图形版本，真是越来越人性化了，但是图形版本还处于原型阶段，测试安装两次以失败告终，可能是我的系统是deepin，通用性不好，如果在原生的ubuntu或许可以安装成功。话说qiime2已经在今年1月份代替qiime1成为官方支持版本 ...
- 华为荣耀畅玩4x lineges os 15.0 rom下载（8.0 Oreo）
- 最近发现手上的古董机华为荣耀畅玩4x cherry有了安卓8.0的lineges 15.0，很高兴，决定下载下来试试，但是发现下载地址寻找太难了，决定把地址放这。 http://bbs.zhiyoo.com/thread-13490071-1-2.html 链接：https://pan.baidu.com/s/1c3OOfGO 密码：dsqa 感谢大家的分享，分享使人快乐！ps 15.1据说已 ...
- ASA芯片的探索
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- 之前gsa，23andme和wegene芯片的分布情况，见另一博文： http://www.zd200572.com/2017/07/20/2017-test/ gsa芯片作为一款消费级基因检测市场上具有较高性价比的芯片，已经成为国内外多家基因检测公司的首选，不得不承认illumina的强大。毕竟，这是人家的看家本领，二代测序技术还是买来的呢。说句题外话，发现 ...
- 使用R语言读取pubmed存入mysql数据库
- 最近，在科研狗网站看到了一个有趣的项目，使用R语言读取pubmed存入mysql数据库，之前报名没有报上，还是决心要跟着做一下，无奈R语言水平比较渣渣，只能复制别人的代码来用，悲剧的是，原代码复制过来还是报错，来一个小目标，把这段代码运行起来。花了两三天的功夫，终于实现了目标。 原代码参考自R科研作图学 ...
- uBiome肠道微生物报告学习
- 今天想看一下uBiome的检查报告是什么样的，刚好发现一个网站： https://cfsremission.com/ 网站自己介绍是一个教育或者科普性的网站，便于你和医务人员讨论相关内容。你可以自愿贡献你的检测结果，来获得相关知识。网站确实提供了几个商业检测公司的报告，我来学习一下，之前看了再三个国内的，现在看看国外的，找找区别， ...
- 翻译--肺微生物组与肺癌之间的相互作用
- 原文来自：Q. Mao, F. Jiang, R. Yin, J. Wang, W. Xia, G. Dong, W. Ma, Y. Yang, L. Xu, J. Hu, Interplay between the lung microbiome and lung cancer, Cancer Letters (2017), doi: 10.1016/ j.canlet.2017.11.036. 摘要 人类的微生物群通过多种途径向人体提供益处或疾病易感性。在糖尿病、肥胖症 ...
- 翻译--微生物群对肺内稳态和疾病的作用
- 原文来自：Wang, J., Li, F., and Tian, Z. (2017). Role of microbiota on lung homeostasis and diseases. Sci China Life Sci 60. doi: 10.1007/s11427-017-9151-1 作为气体交换的地方，肺部不断暴露于环境刺激之下，例如过敏原，微生物和微生物污染物。独立于培养的微生物分析技术（例如16S rRNA测序）的发展 ...
- 肺部微生物群笔记
- 摘要 ： 长久以来人们一直认为健康的人类肺脏是无菌的。然而近十年来越来越多的证据表明，尽管规模比口腔和肠道小得多，但健康肺部也存在着多样化的常驻菌群。肺组织的微生物群在很大程度上仍然是未知的，许多研究将肺部微生物群的改变与慢性肺病的发展关联起来，例如囊性纤维化 (CF) 或慢性阻塞性肺病 (COPD) 。不过 ...
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