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ASA芯片的探索

已有 5338 次阅读 2018-3-20 11:08 |个人分类:biology|系统分类:科研笔记

 之前gsa,23andme和wegene芯片的分布情况,见另一博文:http://www.zd200572.com/2017/07/20/2017-test/

gsa芯片作为一款消费级基因检测市场上具有较高性价比的芯片,已经成为国内外多家基因检测公司的首选,不得不承认illumina的强大。毕竟,这是人家的看家本领,二代测序技术还是买来的呢。说句题外话,发现好多技术原创于英国,比如arm,纳米孔测序,sanger测序。。。最近,gsa芯片已经升级为ASA芯片,增加了许多位点,那么,我们来看下,ASA相比GSA的变化在哪呢?

首先还是统计一下asa的芯片位点在各个染色体上的分布情况。

01dic = {}
02with open('ASA-0-Consort__A1.csv') as f:
03    for line in f:
04        chromesome = line.strip().split(',')[9]
05        #print(chromesome)
06        #break
07        if chromesome in dic.keys():
08            dic[chromesome] += 1
09        else:
10            dic[chromesome] = 1
11
12for chromesome in dic.keys():
13    print(chromesome, dic[chromesome])
14
15#结果是:

大概主要是增加了线粒体、Y染色体的位点,用于祖源分析吧!

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