自2005 年中国科学院党组决定成立北京分院以来，支持地方经济社会发展，开展与地方的科技合作一直是北京分院重点工作之一。五年来，北京分院认真贯彻落实科学发展观，紧紧围绕知识创新工程三期“四个一流”的目标，始终坚持改革创新发展，走过了兄弟分院十几年的历程。成效统计从2005 年的54 亿元增加到2010 年的210 亿元，年均增长率40.4%。经过五年脚踏实地的工作实践，北京分院明确了战略重点，理顺了合作机制，打开了工作局面，并不断积极开拓创新，认真研究院地合作发展新模式，在创新载体、创新集群、创新平台建设等方面积极探索，进行了有益的尝试，取得了良好的效果。

“十一五”期间，中国科学院院领导对北京分院院地合作工作高度重视，针对不同区域合作、园区建设、重大项目落地等方面做出重要指示。在北京，路甬祥院长指出“要吸引并支持一批有亮点、有实效、有市场前景，能体现首都科技风采的高端项目在北京落地并形成产业”；在天津，他要求“要抓重点，抓机制，要以电子信息、纳米及新材料、工业生物技术、先进制造与绿色化工等领域为合作重点”；在内蒙古，他希望“以建立合作平台为抓手，在草原、稀土资源和可再生能源的开发，煤炭资源的清洁利用以及提高畜牧产业附加值，延伸产业链等方面加强合作”。