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代码收留站推荐一波！: 张俊鹏 2021-8-21 08:11; 写在前面代码收留站是存储和分享代码的虚拟场所。发表文章，尤其是发表计算机和信息类的文章时，需要在代码收留站公开代码以帮助相关研究者重复论文主要研究结果。另外的用途是，相关研究者也可以利用代码收留站找“现成轮子”辅助自己研究。更高级的用途是，在代码收留站进行企业软件项目开发和管理。一般的用户， ...; 个人分类: 科普|2804 次阅读|没有评论

ceRNA工具包之SPONGE: 张俊鹏 2021-8-19 09:27; 写在前面在前面的文章《 ceRNA 个体竞争怎样才能 “ 入会 ” ？》中， “ 入会 ” 条件有一条：共享 miRNAs 前提条件下，竞争个体 RNA 之间的正相关关系波动很大（也就是共同目标能够很大程度上影响竞争个体之间的密切关系）。如果 0 代表没有波动， 1 代 ...; 个人分类: 科普|1964 次阅读|没有评论

ceRNA工具包之miRspongeR: 张俊鹏 2021-8-16 11:06; 写在前面其实， ceRNA 工具包 miRspongeR 在 5 年前就上线了。当时，它的名字叫 miRsponge 。由于与 ceRNA 数据库 miRSponge （ http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/miRSponge/ ）名称非常类似，所以就改成 miRspongeR 了（上线时间自然只有 2.5 年了，如图 1 ）。这几年， ceRNA 网络识别方法没有多大变化。未来，有 ...; 个人分类: 科普|2204 次阅读|没有评论

快来为ceRNA论文择一处发表吧！: 张俊鹏 2021-8-14 11:13; 在 Frontiers in Molecular Biosciences 杂志（ 2020_IF = 5.246 ）整了个 “ Computational Identification of ceRNA Regulation ” 主题专刊。 2021 年 7 月 20 日上线，不知不觉快一个月了。目前情况：预估投稿 18 篇，已投稿 2 篇（ 1 篇正在审稿， 1 篇初步审查），如下图：图 1 ...; 个人分类: 征稿|1325 次阅读|没有评论

[转载]来来来，一起“撸”ceRNA模块！: 张俊鹏 2021-8-13 12:10; 写在前面 ceRNA “入会”系列：《 ceRNA 个体竞争怎样才能 “ 入会 ” ？》和《 ceRNA 群体竞争怎样才能 “ 入会 ” ？》分别讲述了加入“ ceRNA 网络”协会和“ ceRNA 模块”协会的“入会”条件和方式。现实情况：探究 ceRNA 个体竞争加入 “ ceRNA 网络”协会比较多，然而探究 ...; 个人分类: 科普|1518 次阅读|没有评论

[转载]从miRNA海绵到ncRNA海绵：因为“共同语言”: 张俊鹏 2021-8-6 09:32; 写在前面宏观层面，人、动物和植物等物种之间都有共同语言以便交流。如果没有共同语言，等同于鸡同鸭讲和对牛弹琴。微观层面，细胞间也存在共同语言进行通讯（ cell-cell communication ），甚至分子之间也存在共同语言，比如 ceRNA 或 miRNA 海绵竞争。本次就说说分子层面中 miRNA 海绵竞争所使用的语言， ...; 个人分类: 科普|2510 次阅读|没有评论

[转载]ceRNA，是与非！: 张俊鹏 2021-8-2 16:51; miRNA 与靶基因之间的调控是“ many-to-many ”关系，而不是“ one-to-one ”关系。这种关系预示着，单个 miRNA 能够调控许多靶基因，同时单个靶基因也能够吸附大量 miRNAs 。在这种背景下， ceRNA 假说在 2011 年被提出。 10 年间，许多证据证实 ceRNA 假说的合理性，当然也有一些生物实验对 ceRNA 假说提出了挑战。今天 ...; 个人分类: 科普|5032 次阅读|没有评论

[转载]什么？ceRNA竞争除了“单挑”模式，还可能有“组队”模式？: 张俊鹏 2021-7-29 11:01; 写在前面在生物学、社会学、经济学等许多领域，竞争无处不在。为了达到某一共同目标，竞争在不同实体间产生了，这些实体包括生物个体、社会团体和经济团体等。一般而言，根据竞争实体的单位划分，主要有两种竞争类型：个体竞争和群体竞争。个体竞争发生在不同个体之间，而群体竞争发生在不同群体或团体之间。 ...; 个人分类: 科普|1471 次阅读|没有评论

[转载]ceRNA漫画，看吗？: 张俊鹏 2021-7-29 10:54; 上次已经科普了“ ceRNA ！你是谁？为了谁？ ” ，那么今天来一组 ceRNA 漫画看看 ceRNA 的生物机制。 1. ceRNA 家族 F4 亮相图 1 mRNA 、 lncRNA 、 circRNA 和 pseudogene 漫画形象 2 ...; 个人分类: 科普|1567 次阅读|没有评论

[转载]ceRNA！你是谁？为了谁？: 张俊鹏 2021-7-29 10:36; 虽然 ceRNA 已经 10 岁啦，但是还是有很多人问 ceRNA 是谁？甚至还有人问 ceRNA 为什么这么做？到底为了谁？那么，今天就简短的介绍一下 ceRNA 吧！ ceRNA 是谁？我的全名叫竞争性内源 RNA （ competing endogenous RNA ），为了方便，大家简称我 ceRNA 。当然，大家有时也叫 ...; 个人分类: 科普|1606 次阅读|没有评论

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