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biolord:解码单细胞数据
2024-3-1 12:52
biolord :解码单细胞数据 细胞的基因表达谱同时编码多种属性信息,如细胞类型、组织起源和分化阶段 ( 图 1a) 。单细胞技术可以在单细胞分辨率下为细胞群体提供有关这种表达谱的信息。然而,解码测量到的基因表达,解开彼此之间的纠缠过程仍然是一个主要的挑战。一个解纠缠的表示可以揭示不同生物过程 ...
个人分类: 科普|265 次阅读|没有评论
scPerturb:协调单细胞扰动数据
2024-2-28 11:05
scPerturb :协调单细胞扰动数据 扰动实验探测细胞或细胞系统对环境变化的反应。传统上,在实验室实验中,通过改变温度或添加药物等方式,这些变化对所有细胞的作用是均等的。如今,随着先进的功能基因组技术,单细胞遗传扰动作用于单个细胞成分是可用的。使用不同技术的扰动针对蛋白质生产层次的不同层 ( ...
个人分类: 科普|392 次阅读|没有评论
edgeR 4.0:支持小计数和大数据的差异表达分析升级版
2024-2-26 09:04
edgeR 4.0 :支持小计数和大数据的差异表达分析升级版 在过去的 15-20 年里,下一代测序 (NGS) 已经彻底改变了生物医学研究。 RNA-seq 已成为分析基因和转录物表达的标准技术,而其他技术如 ChIP-seq 、 ATAC-seq 、 CUTTag 、 BS-seq 和 Hi-C 则可以高分辨率地探索表达调控的分子机制 ...
个人分类: 科普|277 次阅读|没有评论
PTC:识别miRNA-mRNA在生物过程中的相互作用
2024-2-23 17:08
PTC :识别 miRNA-mRNA 在生物过程中的相互作用 确定表征生物过程的 microRNAs (miRNAs) 和信使 RNA (mRNA) 之间的调控关系是一项至关重要的任务。例如, Gregory 等发现 miR-200c 在上皮到间充质转化 (Epithelial to Mesenchymal Transition, EMT) 过程中调控 ZEB1 ,这是癌症转移的关键过程,因 ...
个人分类: 科普|416 次阅读|没有评论
空间转录组学技术、数据资源和分析方法指南
2024-2-21 09:54
空间转录组学技术、数据资源和分析方法指南 包括人类在内的多细胞生物是由组织和器官组成的,这些组织和器官都专门从事单一的生物过程,由大量的细胞组成。尽管构成多细胞生物的数百种细胞都共享相同的基因组,但它们的基因表达模式却截然不同。这种差异不仅是由内部基因调控引起的,而且是由来自外部组织微环境的信号 ...
个人分类: 科普|387 次阅读|没有评论
STIGMA:单细胞组织特异性基因优先排序
2024-2-19 10:07
STIGMA :单细胞组织特异性基因优先排序 下一代测序方法的广泛引入使得基因分析在临床环境中成为常规。它有利于正在进行的基因发现、功能注释和疾病映射 ( 例如, HPO, OMIM) ,以及在这些基因中调用、注释、优先排序和过滤变体 ( 例如, gnomAD, DECIPHER) 的工具和资源的改进。因此,基因组或外显子组测 ...
个人分类: 科普|322 次阅读|没有评论
scMayoMap:单细胞RNA测序数据的细胞类型注释工具
2024-2-16 09:16
scMayoMap :单细胞 RNA 测序数据的细胞类型注释工具 在多细胞物种中,组织由不同的细胞类型构成,支持高度特定的功能。单细胞测序 (scRNA-seq) 技术的发展增强了我们了解这些单个细胞分子谱的能力,使我们能够研究发育、衰老、健康和疾病背景下复杂组织的异质细胞组成。在 scRNA-seq 数据分析中,细胞类型 ...
个人分类: 科普|441 次阅读|没有评论
scGeneRAI:可解释人工智能的单细胞基因调控网络预测
2024-2-15 20:26
scGeneRAI :可解释人工智能的单细胞基因调控网络预测 在与癌症的斗争中,治疗决策越来越依赖于肿瘤的分子特征,而癌症组织的分子谱分析正成为常规诊断的一个组成部分。尽管如此,在许多情况下,治疗结果只能根据分子特性进行预测,这表明当前标记物与其对肿瘤发生或治疗耐药性的功能含义之间存在差异。从转录组学 ...
个人分类: 科普|494 次阅读|没有评论
DeepRIG:用图形自编码器模型从单细胞转录组推断基因调控网络
2024-2-15 20:25
DeepRIG :用图形自编码器模型从单细胞转录组推断基因调控网络 与批量 RNA 测序 (RNA-seq) 技术相比,单细胞 RNA-seq (scRNA-seq) 数据提供了鉴定细胞异质性和动态细胞分化生物学过程的机会。在 scRNA-seq 数据中,基因调控网络 (GRN) 的重建可以成功揭示细胞分化机制。 GRN 是在基因水平上描述复杂生 ...
个人分类: 科普|508 次阅读|没有评论
SCA:基于信息降维恢复单细胞异质性
2024-2-10 10:17
SCA :基于信息降维恢复单细胞异质性 单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 产生单个细胞的转录本计数,使生物组织的细粒度分析成为可能。单细胞数据集可以揭示在生物和病理现象中起关键作用的细胞群体和基因相互作用。识别和表征这种异质性是许多单细胞实验的关键动力。 然而,单细胞数据的大小、高维和噪 ...
个人分类: 科普|535 次阅读|没有评论

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