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文本编辑器推荐两款: 热度 1 张俊鹏 2021-11-26 12:07; 写在前面在 Windows 系统里，常用的文本编辑器是 Word 、写字板和记事本，但对脚本编辑不是很友好。这次就推荐两款支持脚本运行的友好文本编辑器： EditPlus 和 Sublime 。 01 — EditPlus EditPlus （图 1 ）是一款由韩国 Sangil Kim 公司开发的 Windows 文本编辑器，脚 ...; 个人分类: 科普|2760 次阅读|2 个评论热度 1

miRNA与EMT: 张俊鹏 2021-11-25 09:33; 写在前面在前面，我们关注了 miRNA 与人类疾病相关的数据库（ miRNA 与人类疾病）以及 miRNA 靶基因与人类疾病相关的数据库（ miRNA 靶基因与人类疾病）。这次，我们特别关注 miRNA 参与一个生物过程 EMT （ Epithelial-Mesenchymal Transition ）的情况。 01 — EMT EMT 中文翻译为 ...; 个人分类: 科普|2578 次阅读|没有评论

流程图软件推荐一款: 张俊鹏 2021-11-19 12:47; 写在前面流程图是构思想法和设计的有效途径，好的流程图有助于理清思路。复杂的就不介绍了，这次就介绍一款 Microsoft Office 流程图软件： Visio （ https://www.microsoft.com/en-us/microsoft-365/visio/flowchart-software ）。如果你会用 Word 、 PPT 和 Excel ，那么 Visio 对你来说上手就不难 ...; 个人分类: 科普|2450 次阅读|没有评论

miRNA靶基因与人类疾病: 张俊鹏 2021-11-18 09:37; 写在前面在上一次，我们说了 miRNA 与人类疾病相关的数据库（ miRNA 与人类疾病）。细心的读者可能会问，它的靶基因与疾病相关的数据库又有哪些呢？那么，这次就说一下 miRNA 靶基因与人类疾病吧。 01 — miRNA 靶基因 miRNA 的靶基因有很多，例如 mRNA 、 lncRNA 、 circRNA 和 ...; 个人分类: 科普|2748 次阅读|没有评论

miRNA与人类疾病: 张俊鹏 2021-11-16 09:21; 写在前面众所周知， miRNAs 在细胞分化、细胞增殖、细胞生长、细胞迁移和细胞凋亡中发挥着重要作用。在调控靶基因方面， miRNAs 有点类似于滑动变阻器来调整蛋白质输出。滑动变阻器功能一旦失灵，可能会导致产生包括癌症在内的许多人类复杂疾病。那么，我们如何知道哪些 miRNAs 与人类疾病关联呢？根据关键词搜索文 ...; 个人分类: 科普|2980 次阅读|没有评论

通路分析软件推荐一款: 张俊鹏 2021-11-13 08:12; 写在前面在生物学里，通路通常指信号通路。常见的信号通路数据库有 KEGG （ https://www.kegg.jp/ ）和 Reactome （ https://reactome.org/ ）。我们也不用把信号通路想得很特殊，其实微观的信号通路跟宏观的交通路是类似的。交通路的要塞对应信号通路的关键分子，每条道路就代表不同分子间的作用关系。针 ...; 个人分类: 科普|6210 次阅读|没有评论

miRNA与TF互为调控: 张俊鹏 2021-11-11 09:16; 写在前面在前面几次（ miRNA 靶基因系列： miRNA 靶基因识别和 miRNA 靶基因识别：下一步等），我们主要介绍了 miRNA 作为调控子来调控靶基因。在这种情况下， miRNA 是上游分子，靶基因是下游分子。那么，是否还有上游分子调控 miRNA ？答案是肯定的。这次就说一下调控 miRNA 的上游分子： TF （ t ...; 个人分类: 科普|4199 次阅读|没有评论

miRNA靶基因之miRBaseConverter: 张俊鹏 2021-11-9 09:30; 写在前面当使用异构数据源识别 miRNA 基因时，可能会遇到 miRNA 名称不一致的问题。例如，有些数据库中的 miRNA 版本比较低，但是有些数据库中 miRNA 又是最新版本。因此，在整合多种异构数据源之前，首先要将 miRNA 名称一致化。为了将 miRNA 名称一致化，这次就介绍一下 R 工具包 miRBaseConverter （ https://bio ...; 个人分类: 科普|2216 次阅读|没有评论

网络可视化软件推荐两款: 张俊鹏 2021-11-6 08:09; 写在前面网络是一种数据，也是一种信息和知识。在信息时代，网路无处不在。例如，人与人之间的关系、城市与城市之间交通关系、论文引证关系、基因之间的关系、信号之间的关系、蛋白质间的互作关系等等，都可以构成错综复杂的网络数据。对于网络而言，主要分为有向、无向和混合（包含有向和无向）三种类型。有向网络 ...; 个人分类: 科普|5881 次阅读|没有评论

miRNA靶基因之miRLAB: 张俊鹏 2021-11-4 15:17; 写在前面前面几次主要介绍了 miRNA 靶基因的方法简介与数据库。对于 miRNA 靶基因识别方法，一般比较零散。有些方法还不开放代码，所以结果很难复现。这次就介绍一个 R 工具包 miRLAB （ https://bioconductor.org/packages/miRLAB/ ），该工具包汇总 10 多种常规方法进行 miRNA 靶基因识别。 01 ...; 个人分类: 科普|2772 次阅读|没有评论

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