科学网—zhangjunpeng的博文

生物标志物发现的表达图网络框架

张俊鹏 2025-6-11 20:13

生物标志物发现的表达图网络框架分类问题构成了机器学习的基石，其首要目标是根据观察结果的属性将其分类为离散的类。这一过程在医疗保健中尤为重要，精确的分类直接影响诊断、治疗策略和患者结果。机器学习彻底改变了传统的分析方法，提供了处理和解释复杂数据集的创新方法。这些技术在生物标志物发现中的应 ...

个人分类: 科普|588 次阅读|没有评论

单细胞转录组数据驱动的基因调控网络建模、推理和评估方法调研

张俊鹏 2025-6-9 15:14

单细胞转录组数据驱动的基因调控网络建模、推理和评估方法调研系统生物学是一个跨学科领域，涉及生物学、化学、数学、物理学等知识，其研究重点是生物系统组成部分之间的相互作用，以及这些相互作用如何在系统内产生行为和功能。此外，细胞网络（基因、蛋白质和代谢调节）涉及数千个分子的协调相互作用，使其 ...

个人分类: 科普|439 次阅读|没有评论

scRDEN：单细胞动态基因等级差异表达网络和鲁棒轨迹推断

张俊鹏 2025-6-6 21:32

scRDEN ：单细胞动态基因等级差异表达网络和鲁棒轨迹推断单细胞转录组测序技术的快速发展使研究人员能够研究单细胞分辨率的细胞状态过渡和各种生物学过程，并为探索正常发育和疾病的基本机制开放了新领域。它进一步允许研究人员测量单个细胞内的基因表达水平，鉴定复杂细胞种群中的特定细胞类型，分析单个 ...

个人分类: 科普|780 次阅读|没有评论

CausalBench挑战：单细胞扰动数据驱动的基因网络推理机器学习竞赛

张俊鹏 2025-6-6 21:30

CausalBench 挑战：单细胞扰动数据驱动的基因网络推理机器学习竞赛因果基因作用网络可视化为有向图，直观地阐明了细胞内基因的复杂相互作用，揭示了细胞特异性的细胞功能和调控。这些网络不仅有助于区分正常和异常的细胞过程，还可以阐明各种疾病中受干扰的途径。通过研究这些网络，获得了可以指导潜在药 ...

个人分类: 科普|666 次阅读|没有评论

社区检测算法的广泛基准测试

张俊鹏 2025-6-2 14:41

社区检测算法的广泛基准测试社区检测算法是识别网络中密集连接节点集群或组的关键工具。这些算法具有广泛的应用，从社会学和生物学到大数据处理和并行计算任务。它们通过揭示底层网络的隐藏模式和介观特性，为复杂系统的结构和组织提供了有价值见解。从历史上看，基准测试工作主要集中在使用 Py ...

个人分类: 科普|772 次阅读|没有评论

CORESH：基于基因标签的公共基因表达数据集搜索引擎

张俊鹏 2025-5-30 20:31

CORESH ：基于基因标签的公共基因表达数据集搜索引擎基因表达综合数据库（ GEO ）是一个不断增长的公共基因表达数据资源，目前包含来自数十万个实验的数百万个样本。该资源因其加速生物发现的能力而受到研究界的高度重视，利用先前生成的 GEO 数据集的 30,000 多项研究证明了这一点。使用 GEO 的 ...

个人分类: 科普|785 次阅读|没有评论

动态基因网络中模拟生物干预效应

张俊鹏 2025-5-30 20:30

动态基因网络中模拟生物干预效应真核细胞在其基础状态下的功能及其对环境变化的反应是一种动态现象，涉及多个参与者以多种水平的调节级联激活。细胞外信号后多个基因的顺序激活（转录反应）是这种反应的关键步骤。其中一些基因是转录因子，它们级联激活其他基因，特别是编码蛋白质的基因，这些蛋白质是适应初 ...

个人分类: 科普|750 次阅读|没有评论

数据丰富时代对集体细胞迁移进行建模：挑战和机遇

张俊鹏 2025-5-26 09:45

数据丰富时代对集体细胞迁移进行建模：挑战和机遇集体细胞迁移涉及大量细胞作为一个内聚单元的协调运动，在发育、疾病和修复中起着至关重要的作用。这种集体行为是由复杂的细胞 - 细胞和细胞 - 环境相互作用驱动的，这使得很难区分主导的驱动机制。数学建模提供了一个理想的平台，可以对集体细胞迁移的不 ...

个人分类: 科普|553 次阅读|没有评论

借助Bioconductor社区开展生物数据科学教学

张俊鹏 2025-5-24 20:21

借助 Bioconductor 社区开展生物数据科学教学现代生物学研究在很大程度上依赖于高通量技术，包括测序、成像、细胞流和质谱法。这些技术生成了大量数据，这些数据需要多学科团队和复杂计算方法进行分析和解释。为了满足对生物学训练有素的数据科学家日益增长的需求，已经付出巨大努力来建立和传播教学最佳 ...

个人分类: 科普|379 次阅读|没有评论

生物信息学大模型基准

张俊鹏 2025-5-21 21:14

生物信息学大模型基准在过去十年中，高通量取得了快速进展，产生了大量的基因组、转录组和蛋白质组数据集。这推动了对创新计算方法的需求，从而能够从复杂生物数据集中提取新见解。虽然数据集解释是理解复杂生物现象的核心，但由于这些数据集固有的复杂性和数量，提取有意义的新颖见解是一项具有挑战性的工作 ...

个人分类: 科普|848 次阅读|没有评论

帐号		自动登录	找回密码
密码			注册

关闭 安全验证

zhangjunpeng

关闭安全验证