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DANCE:用于单细胞分析的深度学习库和基准测试平台
张俊鹏 2024-4-14 21:51
DANCE :用于单细胞分析的深度学习库和基准测试平台 单细胞分析技术近年来发展迅速,从单模态分析 (RNA 、蛋白质和开放染色质 ) ,到多模态分析,再到空间转录组学。这一领域的快速革命促进了计算方法数量的爆炸式增长,尤其是基于机器学习的方法。然而,当前方法的多样性和复杂性使得研究人员很难重现原始论文 ...
个人分类: 科普|114 次阅读|没有评论
通过临床知识图谱预测人群用药结果
张俊鹏 2024-4-10 14:01
通过临床知识图谱预测人群用药结果 各种不同的因素——在分子和细胞水平上的环境和生物因素——塑造了治疗反应。同样的治疗方法在不同的人群中可能会产生非常不同的效果和产生副作用的可能性。例如,对年轻男性参与者 Caucasian 进行药物测试的偏见导致错过了患者安全标记,提高了人们对人群特性在调查治疗疗效和安 ...
个人分类: 科普|315 次阅读|没有评论
ISN-tractor:快速和可扩展识别具有生物学意义的个体特异性网络
张俊鹏 2024-4-8 19:43
ISN-tractor :快速和可扩展识别具有生物学意义的个体特异性网络 个体特异性网络 (ISN) 是组学数据的一种数据分析方法,可捕获种群中每个个体中生物实体 ( 如基因 ) 之间的独特关系模式。它们提供了对样本异质性和个性的详细了解,提供了优于传统分析方法的优势,因此它们可以为分层医学提供新的机会 ...
个人分类: 科普|381 次阅读|没有评论
CM-Drug:提高免疫检查点阻断疗效的药物预测
张俊鹏 2024-4-7 09:16
CM-Drug :提高免疫检查点阻断疗效的药物预测 免疫疗法,特别是免疫检查点阻断 (immune checkpoint blockade , ICB) ,旨在激活和调动免疫系统来根除恶性细胞,并在各种恶性肿瘤中取得了令人印象深刻的临床成功。在一些患者中, ICB 产生了持久的临床反应,导致长期疾病缓解。然而,低反应率和对治疗的耐药 ...
个人分类: 科普|308 次阅读|没有评论
txtools:分析RNA修饰、结构和相互作用工具包
张俊鹏 2024-4-4 21:27
txtools :分析 RNA 修饰、结构和相互作用工具包 RNA 测序数据最广泛的用途是基因表达定量,它只需要计算重叠每个基因的测序读数数量。然而,除了它们所映射的基因的身份之外,测序读数还存储了丰富的附加信息,我们将其称为 “ 读出 ” ,包括 (i) 读取起始的相对位置, (ii) 读取末端的相对 ...
个人分类: 科普|461 次阅读|没有评论
多重聚类最新进展和观点
张俊鹏 2024-4-4 21:25
多重聚类最新进展和观点 聚类是一项基本的数据探索任务,旨在发现数据中隐藏的分组结构。聚类技术已经成功地应用于许多领域,包括社会网络分析、生物信息学、计算机视觉等。然而,众所周知,集群是在旁观者的眼中。由什么组成集群取决于应用程序的需要。例如,水果可以根据颜色、形状、起源或其他规则聚类。为了解决这 ...
个人分类: 科普|470 次阅读|没有评论
数据库对理解lncRNA的贡献
张俊鹏 2024-4-4 21:23
数据库对理解 lncRNA 的贡献 长链非编码 RNA (lncRNA) 是一类超过 200 个核苷酸的 RNA 分子,没有或有限的编码能力。广泛的研究已经在一系列物种中鉴定和表征了 lncRNA ,表明 lncRNA 基因超过了蛋白质编码基因的数量,在疾病、体内平衡和应激反应中具有至关重要的调节作用。因此,从许多物种积 ...
个人分类: 科普|439 次阅读|没有评论
MarkerMap:单细胞研究的非线性标志物选择
张俊鹏 2024-3-27 09:08
MarkerMap :单细胞研究的非线性标志物选择 基因组学和显微镜技术的最新进展使得从空间和时间坐标收集细胞间的单细胞基因表达数据 (scRNA-seq) 成为可能。了解细胞如何跨越时空尺度聚集信息,以及反过来,基因表达变异性如何反映这种聚集过程仍然具有挑战性。一个特殊的实验设计挑战是由于现有技术 ( 例如 smF ...
个人分类: 科普|470 次阅读|没有评论
烟草PPO家族是参与传粉的重要调控因子
张俊鹏 2024-3-25 12:57
烟草 PPO 家族是参与传粉的重要调控因子 多酚氧化酶 (Polyphenol oxidases, PPOs) 是常见的核编码含铜酶,存在于所有昆虫、真菌、脊椎动物和植物中。 PPOs 属于氧化还原酶家族,主要存在于叶绿体的类囊体膜中。一般来说,根据底物特异性和结构, PPOs 可以可分为儿茶酚氧化酶 (EC 1.10.3.1) 、酪 ...
个人分类: 科普|479 次阅读|没有评论
RNA的“群体控制”:生物学中普遍存在的主题
张俊鹏 2024-3-22 18:04
RNA 的 “ 群体控制 ” :生物学中普遍存在的主题 历史的角度 近几十年来,随着转录组测序技术的不断进步,我们对非编码 RNA 的理解迅速发展。从历史上看,非编码 RNA 被认为是蛋白质产生的促进剂,可追溯到 20 世纪 40 年代,当时发现核糖体 RNA 在产生蛋白质的位点 ( 核糖体 ) ...
个人分类: 科普|448 次阅读|没有评论

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GMT+8, 2024-4-14 23:52

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