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结构预测技巧与问题-ENCUT、DistanceOfIon等参数设置

已有 7070 次阅读 2013-7-7 12:05 |个人分类:结构预测|系统分类:科研笔记| 技巧

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1) CALYPSO使用过程中问题集锦

2) CALYPSO对表面重构的预测原理及操作技巧

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5. DistanceOfIon设置规则

DistanceOfIon
是原子间距离的矩阵，
如果你的元素有2个，分别为 A, B
矩阵就是
AA AB
BA BB
的距离

如果没有经验的话，可以上网查原子的共价半径，也是不错的选择
一般设置个大概就可以了

4. 请问：CALYPSO产生了171个结构，但没有一个结构优化成功，不知原因何在？ POTCAR,INCAR_*，input.dat文件齐全....

OSZICAR变化情况如下所示，估计就是Maxtime不够所致，谢谢小吕：
grep F= OSZICAR
1 F= -.10768828E+03 E0= -.10768288E+03 d E =-.107688E+03
2 F= -.10769168E+03 E0= -.10768638E+03 d E =-.339660E-02
3 F= -.10769183E+03 E0= -.10768654E+03 d E =-.354283E-02

WYC:是不是优化的精度要求太高了呀

YXQ:

嗯，或许可以降低下ENCUT
INCAR_4设置：
PREC = Accurate
ENCUT = 400.0
EDIFF = 1e-4

ENMAX查看情形如下：
grep ENMAX OUTCAR
ENMAX = 250.000; ENMIN = 200.000 eV
ENMAX = 222.664; ENMIN = 166.998 eV

WYC:

如果优化这么长时间(MaxTime = 80800)，有点太浪费了，预测完之后，多拿出一些能量低的结构进行精细优化就可以了~

YXQ:有道理，那我在预测时将ENCUT取成与ENMAX中的最大值相等

Default:
ENCUT = largest ENMAX from POTCAR-file

ZhuLi:

不设置 encut 的话，用的都是赝势中的 enmax, 一般来说 encut 至少设置为 enmax*1.3 才会比较精确。

3. 如何查看是否可以停止预测

head -1 pso_sor_*

如果是第五代能量最低
是要等到第15代算完才停么？

还是算到15代或20代再停。
比较安全。

2. 再请确认下：
(1) 新版input.dat文件中，局域优化默认是并行的吗？
(2) 如通过下述参数指定并行，还需指定并行的节点数（不是核的个数）？
# If True, the local optimizations performed by parallel
Parallel= T
# The number node for parallel
NumberOfParallel=1
LHY-吉大(48776252) 0:49:58
你还是用F
yxq-中物院(12248580) 0:52:02
嗯，上述并行是指预测操作并行，还是指局域优化的vasp操作并行？
lhy-吉大(48776252) 0:53:52
The INCAR (INCAR_*), POTCAR and vasp.pbs (if Parallel = T) are needed for
local optimization using VASP

yxq:

谢谢寒雨的耐心解答。那应设置成T，Parallel= T

？因为VASP优化通常都是并行的，

lhy-吉大(48776252) 0:58:04
这里的并行是指
把几个结构分到不同节点上算。

yxq:

理解了，那我还是选用F。

1. 换了新版的calypso3.3，还是老问题对AB型结构预测正常，优化不正常，部分输出文件如下：

可能是ENCUT设置过高，或增加MaxTime 时间

1） grep F= OSZICAR

1 F= -.33137627E+01 E0= -.32943625E+01 d E =-.331376E+01

2 F= -.35359058E+01 E0= -.35175160E+01 d E =-.222143E+00

3 F= -.39533879E+01 E0= -.39240621E+01 d E =-.639625E+00

4 F= -.35860587E+01 E0= -.35606978E+01 d E =-.272296E+00

5 F= -.40246432E+01 E0= -.39935922E+01 d E =-.710880E+00

6 F= -.41482412E+01 E0= -.41189295E+01 d E =-.123598E+00

7 F= -.44744004E+01 E0= -.44422816E+01 d E =-.449757E+00

8 F= -.48514612E+01 E0= -.48301638E+01 d E =-.826818E+00

9 F= -.48992242E+01 E0= -.48727840E+01 d E =-.874581E+00

10 F= -.50559613E+01 E0= -.50311562E+01 d E =-.156737E+00

11 F= -.53952954E+01 E0= -.53681022E+01 d E =-.496071E+00

2） vi results/pso_sor_1

610612509.000000

....

3) vi CALYPSO.log

_______ _______ _ _______ _______ _______

( ____ ( ___ )( | /|( ____ )( ____ ( ___ )

| ( /| ( ) || ( ( / )| ( )|| ( /| ( ) |

| | | (___) || | (_) / | (____)|| (_____ | | | |

| | | ___ || | / | _____)(_____ )| | | |

| | | ( ) || | ) ( | ( ) || | | |

| (____/| ) ( || (____/| | | ) /____) || (___) |

(_______/|/ |(_______/_/ |/ _______)(_______)

Program CALYPSO v.3.2 starts ...

Today is 1Sep2013 at 13:20: 8

Step : 1

Nstru : 1

Random Structure

space group : 207

4 4

Volume : 96.00002295

Kpoint1: 1 1 1

Nstru : 2

Random Structure

space group : 25

4 4

Volume : 96.00002340

Kpoint1: 1 1 1

Nstru : 3

Random Structure

space group : 81

2 2

Volume : 48.00001127

Kpoint1: 1 1 1

Nstru : 4

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