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H7N9出来之后,一直在关注,包括科学网各种博文和讨论。甚至自己拿序列去NCBI上做blast,比如:
以及其它几篇相关文章
心理很想做点东西。因为之前我之前做了些分子进化工作,做进化树分析起源蛮擅长的。 就一直关注着,就是找不到突破口,没有动手去做。
由于一直跟系里张老师讲H7N9,她就请我去给本科生讲讲H7N9。 竟然要讲课,我就得做个树看看,于是去gisaid上下载序列,构建进化树。那个时候gisaid上有20几株H7N9序列,这个时候刚刚好,要是早点做,序列少就没有我们h后面的发现。等我画出了M基因的时候,大吃一惊。 M基因竟然有两个分支,其中一个分支与beijing的野鸟聚集在一起。这是之前文章都没报道的,特别的是其它3~4个核内基因是与beijing的野鸟聚集在一起。我立马想,我要改下H7N9的进化模型了,这下子有搞头了,如下图:
于是与朋友讨论,最后否定这个假设,M基因可能是重配了,这种可能性极大,并且在其它4个核内基因也有此种现象。 由此,这些发生重配的基因导致很多不同的H7N9基因型(genotype)。于是我们的第一篇文章的故事出来了。
写好文章就开始投稿,立马投到国内最好的杂志,被拒,心里凉凉的,担心竞争激烈和审稿速度,改改,投到BBRC了,过了两个星期被拒!
好朋友跟我提到CID,说这个杂志有9分多,很牛。好家伙,我立马投到这个杂志。到了编辑那里后,过了一个晚上就被收了。
于是,我们的第一篇H7N9工作出炉了:
Clin Infect Dis:H7N9核内基因多起源或发生多次重配
我们的文章至少在三个方面是在H7N9研究上首次的:
1. 核内基因起源前或(和)起源后重配。 包括首次报道M基因有两个分支。
2. 划分基因型。 首次把H7N9划分9种基因型。
3. 初步的序列分析 ,序列的替换率。
先写这么多。 紧接着这个工作,延续3的结果,我们又发了一篇,(H7N9最新进展--序列变异(2))这里也有故事可以讲。
最近,我们还有关于H7N9还有更有意思的结果。
来个总结, 这些工作目的只是想从序列分析角度更好的认识H7N9一些方面,我觉得已经做到了。至于具体的作用,仁者见仁,智者见智。
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GMT+8, 2024-5-11 14:37
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