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未分类| 生活点滴| 翻译作品| 我的研究| 明湖实验室|

R语言中调用外部序列比对软件muscle为例: 热度 1 熊荣川 2014-4-3 21:18; 熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz library(ape) library(stringr) seq = read.dna(CO1.fas, fasta) #读入待比对的DNA序列 seq_align - muscle(seq) #调用muscle进行比对，结果保存为seq_align coi_tr ...; 个人分类: 我的研究|8159 次阅读|3 个评论热度 1

R语言怎样下载一篇文章里的所有序列: 熊荣川 2014-4-3 21:10; 熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz rentrez v0.2.1 原文地址 http://ropensci.org/tutorials/rentrez_tutorial.html 中文版本整理中，敬请期待！; 个人分类: 我的研究|3271 次阅读|没有评论

R语言去掉Genbank带NC_的序列号: 熊荣川 2014-3-26 14:15; R 语言去掉 Genbank 带 NC_ 的序列号 # 作者信息熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz # 预装函数 #Genbank 中现在的序列常常有些带 NC_ 前缀的序列号。其实这些序列是 Genbank 审核过的线粒体基 ...; 个人分类: 我的研究|4414 次阅读|没有评论

R语言去掉Genbank序列号的.1后缀: 熊荣川 2014-3-26 13:11; R 语言去掉 Genbank 序列号的 .1 后缀 # 作者信息熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz # 预装函数 #Genbank 中的序列越来越多，我们常常要一次性下载很多序列或者序列索取号，用于后续的生物信息学分析，然 ...; 个人分类: 我的研究|4181 次阅读|没有评论

写文章的本质是什么？: 熊荣川 2014-3-23 10:45; 熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 有一篇文章，写的时候像是打鸡血一样，一口气读了上百篇同领域的参考文献，然后分析数据，一个月就写完了。看着初稿，对文后的参考文献个数尤为满意。后来发给老板看，因为这篇文 ...; 个人分类: 我的研究|3562 次阅读|没有评论

edgeR:处理数字基因表达数据的一个例子: 热度 1 熊荣川 2014-3-17 17:02; edgeR: 处理数字基因表达数据的一个例子作者：一枝梅中国科学院成都成都生物研究所 kinglyyang@yeah.net 编辑：熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz edgeR 是 bioconductor 中专门用于处理 ...; 个人分类: 我的研究|20152 次阅读|1 个评论热度 1

分子系统发育树的节点支持率多少才可信？: 熊荣川 2014-3-15 13:27; 分子系统发育树的节点支持率多少才可信？熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz 同时使用最大似然法（ Maximum likelihood ， ML ）和贝叶斯方法（ Bayesianinference ）构建系统发育树，两种方法分析分 ...; 个人分类: 我的研究|15320 次阅读|没有评论

R语言搜索DNA序列中的碱基组成非碱基符号: 熊荣川 2014-3-12 10:32; R 语言搜索 DNA 序列中的碱基组成非碱基符号 # 作者信息熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz # 预装函数 # 搜索 DNA 序列中的非碱基符号 # # 发表超过24小时，源代码不再公布。 # ...; 个人分类: 我的研究|4167 次阅读|没有评论

R语言从genbank注释文件中提取线粒体基因组非编码基因信息: 熊荣川 2014-3-11 16:47; R 语言从 genbank 注释文件中提取线粒体基因组非编码基因信息 # 作者信息熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz # 预装函数 # 发表超过24小时，源代码不再公布。 # 使用方法 # 下 ...; 个人分类: 我的研究|6565 次阅读|没有评论

R语言将单元格内容转化为字符变量: 熊荣川 2014-3-8 15:02; R 语言将单元格内容转化为字符变量 # 作者信息熊荣川六盘水师范学院生物信息学实验室 xiongrongchuan@126.com http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz # 预装函数发表超过24小时，源代码不再公布。 # 使用方法 A=matrix(1:6,3,2) # 定一个数值矩 ...; 个人分类: 我的研究|5675 次阅读|没有评论

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