博文

RiceHAP2位于基因中的SNP

2014-1-16 00:35

这里是水稻第2代单倍型数据库的原始网站。 http://www.ncgr.ac.cn/RiceHap2/index.html 我把这个网站的SNP数据，根据SNP在IRGSP v4中的位置，整合到相应的基因中。籼稻和粳稻分别整理。这样的话，克隆基因的时候可以在这里面去查查。有哪些等位基因。当然如 ...

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Biopython学习遇到的问题

2014-1-14 00:21

邪门了，照着参考书上抄代码来运行都报错，这还有天理吗？ from Bio import Entrez handle=Entrez.einfo() record=Entrez.read(handle) Traceback (most recent call last): File stdin, line 1, in module File /usr/local/lib/python2.7/dist-p ...

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我的水稻高密度InDel数据库愿与所有朋友共享

热度 11 2014-1-7 00:14

原始库包含23万对日本晴（日本晴的序列为tigrv5）和9311间的InDel数据，多态大小在2bp以上。这个数据库可能还有点不太好用，数据量比较大，有冗余数据(下载地址： http://yunpan.cn/Qz3wgRV8CzhsN)。 在这个的基础上又产生了一个只包含基因的InDel数据的子集。最近又从中进行了进一步的细 ...

个人分类: 多态性|4463 次阅读|15 个评论 热度 11

把gramene中的mysql数据文件导入mysql数据库的方法

2013-12-28 20:31

1 下载数据文件，解压缩，文件的后缀为：mysqldump,如vitis_vinifera_variation_38_72_3.mysqldump。 2 登录到本地mysql数据库 sudo mysql -u root -p 3 用create 命令建立一个新的数据库：如 create database vitis_vinifera_variation_38_72_3 4 use vitis_vinifera_variation_38_72_3 5 将需要导入的文件vit ...

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高通量测序测什么？

热度 2 2013-12-21 00:03

当然，测的东西，比较多了。比如重组自交系。除此之外可以测近等基因系，近等基因系不总是有标记卡住了目的基因，这种近等基因系，只需要在目标区间开发标记，建立一个基于近等基因系的F2群体就能轻易锁定基因，如果表型不是那么飘忽不定。 可能还有一种近等基因系，并没有 ...

个人分类: QTL精细定位|5357 次阅读|10 个评论 热度 2

讨论论

2013-12-19 19:03

说讨论论，有点大了，所谓论可能得有足够的篇幅，而我不想写那么多。随便想到了这个标题。不过，却是有感而发。说到讨论，尤其是专业问题的讨论，那是需要一定基础的。要想和我讨论关于基因定位的问题，至少，得稍微明白一些基本原理和基本概念。比如，分子标记，遗传图谱，作图群体，基因型 ...

个人分类: 科研杂谈|2749 次阅读|没有评论

序列变异的类型

热度 1 2013-12-17 20:43

来自gramene 3_prime_UTR_variant,feature_truncation 3_prime_UTR_variant,splice_region_variant,feature_truncation 5_prime_UTR_variant,feature_truncation 5_prime_UTR_variant,splice_region_variant,feature_truncation coding_sequence_variant,3_prime_UTR_variant,feature_truncation coding_sequence_va ...

个人分类: 多态性|10409 次阅读|2 个评论 热度 1

GenBank中的水稻等位基因

2013-12-16 15:21

提供一张表，这张表里的每个基因在GenBank中都有两个以上的序列。这张表可以用来开发基于基因的功能标记。这些基因都有相应的文献报道，因为这是搜索有序列的文章搜出来的。 ricegenes_alles.xlsx

个人分类: 分子育种|2545 次阅读|没有评论

同期NATURE上同一水稻基因的两篇文章

2013-12-12 21:04

1 D14–SCF D3 -dependent degradation of D53 regulates strigolactone signalling（ http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature12878.html ） 2 DWARF 53 acts as a repressor of strigolactone signalling in rice （ http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature12870.html ...

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