科学网—bioysy的博文

祝"首届植物关联分析研讨班"圆满成功

热度 2 闫双勇 2011-5-23 08:33

近年来，随着下一代测序技术和高通量的基因型分析技术的发展，关联分析在植物数量性状研究中开始得到广泛应用。为交流植物关联分析的最新进展，讨论植物关联分析中应注意的问题，经研究定于 2011 年 5 月 23 日— 5 月 25 日在湖北省武汉市华中农业大学举办 “ 首届植物关联分析研讨班 ”。现将有关事项通知如下： ...

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植物中的LD

闫双勇 2011-1-5 13:16

自交植物中的LD覆盖范围都比较大,但LD在不同的群体,不同的染色体区域都不一样.下面这篇文章比较特别,自交植物LD 2kb Sela, H., Loutre, C., Keller, B., Schulman, A., Nevo, E., Korol, A., and Fahima, T. Rapid linkage disequilibrium decay in the Lr10 gene in wild emmer wheat (Triticum dicoccoides) populati ...

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全基因组关联分析后的分析

闫双勇 2010-11-22 08:46

全基因组关联分析后,会获得和性状相关的分子标记,可以在此基础上结合其它知识确定性状控制的侯选基因,并对侯选基因进行基因功能验证.这篇文章提供了一个范例 A Coastal Cline in Sodium Accumulation in Arabidopsis tha ...

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520个水稻品种的全基因组数据

闫双勇 2010-11-9 20:33

数据来源:Huang, X., X. Wei, et al. Genome-wide association studies of 14 agronomic traits in rice landraces. Nat Genet 42(11): 961-967.( http://www.nature.com/ng/journal/v42/n11/abs/ng.695.html?lang=en ) GenBANK序列号:ERP000106,ERP000235,ERP000236.这个序列号是NCBI ...

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关联作图和连锁作图的结合

闫双勇 2010-10-30 22:42

既然关联作图和连锁作图是两种互补的方法，将这两种方法结合起来进行可能效果更好，能充分利用两者的优点。前面有篇博文已经涉及到这方面的内容（ http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=367592 ）。任何作图都需要作图群体，NAM和MAGIC是可以同时利用两种方法进行作图 ...

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水稻全基因组关联作图时代到来了

闫双勇 2010-10-29 23:55

这篇文章宣告了一个新时代的到来 Genome-wide association studies of 14 agronomic traits in rice landraces，Nature Genetics,2010,Vol 42 , 961967 (全文有点大，上传受到限制)。这是我期待已久的一篇文章。所谓一个时代的到来，也不是我说了能算了，我太小 ...

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关联作图和连锁作图要结合进行

热度 1 闫双勇 2010-9-27 21:45

呵呵不是我的意思，是这篇文章的意思Mouse Genome-Wide Association Mapping Needs Linkage Analysis to Avoid False-Positive Loci Association Mapping Needs Linkage Analysis Mouse 中是这样，其它物种中也应该是这样的。当然人除外了，连锁作图的作图群体太难建了。关联作 ...

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关联作图中的标记选择

闫双勇 2010-9-22 01:18

SSR是有功能的，不是我的观点，是这篇文章的Hannan AJ: Tandem repeat polymorphisms: modulators of disease susceptibility and candidates for missing heritability'. Trends in Genetics 26: 59-65. SSR是植物遗传作图中最常用的一种标记，植物中的作图一般是利用基于双亲杂交的分离群体来作图，这时SSR仅仅 ...

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关注关联作图

热度 2 闫双勇 2010-9-21 20:31

关联作图在植物中的应用是我比较关注的.这也是以前博客的一个主要内容,那个博客中有非常丰富的关联作图的资料.(这篇博文的内容可能会随着我关注的内容而不断更新) 综述类: 1 Association Mapping: Critical Consider ...

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