SSR是有功能的，不是我的观点，是这篇文章的 Hannan AJ: Tandem repeat polymorphisms: modulators of disease susceptibility and candidates for missing heritability'. Trends in Genetics 26: 59-65.

SSR是植物遗传作图中最常用的一种标记，植物中的作图一般是利用基于双亲杂交的分离群体来作图，这时SSR仅仅是作为一种标记，它是否有功能无无观紧要，到了图位克隆的时候，如果SSR多态性是产生表型变异的原因应该很容易发现。但关联作图情况不一样，如果只考虑SNP就会出现missing heritability的问题。简单的理解，这时的表型变异用SNP来解释是不够的，所以光用SNP标记就会产生missing的问题。missing的很大一部分是SSR。所以关联作图如果只用SNP标记可能是不够的，人类遗传学是这样，植物中也应该是这样。进一步推论SNP和SSR加起来可能还是不够的。那是不是关联作图应该综合考虑各种不同类型的标记？

Tandem repeat polymorphisms

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关于这个主题的补充资料

Multi-locus inference of population structure: a comparison between single nucleotide polymorphisms and microsatellite

Multi-locus

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现在得到高密度的SNP是比较容易了,有SNP是足够的吗?当然不是,再把上面的SSR也不是,那再加个CNV,CNV在植物中研究得还较少,见http://www.sciencenet.cn/m/user_content.aspx?id=394965.如果有天有人报道CNV和杂种优势有关,估计这东西马上会成为风向标.CNV的确可能和杂种优势有关

,The flowering gene SINGLE FLOWER TRUSS drives heterosis for yield in tomato

 heterosis

我得用CNV来解释这篇文章结果.亲本1 0拷贝 亲本2 2拷贝 杂种1 拷贝,拷贝数不是越多越好,是最合适的最好.CNV很容易和基因的剂量效应联系起来.该文指出:杂种优势和基因剂量效应有关It has been suggested that heterosis might result from the tuned activities of dosage-dependent regulatory systems controlling signaling cascades and transcriptional networks

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