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水稻SSR标记
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Sequencing ProjectInternational Rice, G. (2005). The map-based sequence of the rice genome. Nature 436, 793-800.
这篇文章有个附件,附件里有水稻SSR标记的引物序列,这个序列可以拿去直接合成引物
the map-based sequence of the rice genome.pdf
这篇文章有个附件,附件里有水稻SSR标记的引物序列,这个序列可以拿去直接合成引物
完整的表在附件中.这个SSR的预测是基于粳稻品种日本晴的.
近2万个SSR引物还是有点多.所以这个表需要处理下.把他和籼稻品种9311的预测SSR合并得下表
这个表里有SSR标记在日本晴(粳道)和9311(籼稻)中推测的扩增片段大小,也就是说可以推测籼粳间是否有多态性.仍然有引物序列,可以直接去合成,有扩增片段大小(如果片段太大了,就别合了),有9311和日本晴间差异片段大小(没有差异或比较小不好检测的也先别合了).另外还有引物所在的染色体及物理位置(物理位置的序列版本参考,上面的文献).下次我要批量合成引物就用下面那个表来挑.(不过这个表可能有点小问题:同样的标记,比如RM340这个表中(也就是nature文章的附件中)的引物序列和gramene中的引物序列不完全相同.如果9311数据库中的序列和gramene中的一致,那么据此的多态性推断就有问题了.多态性推断的前提是:引物的序列一致.我用的数据库没有给出9311序列的RM编号引物序列.所以没法比较.不过我自己照这个表挑过引物做了实验,大多数还是有多态性的.看来我还得弄个新表上来,用其它方法)
呵呵,把这个表弄在这,坦白将不是每个人都能很容易得到这个表的,这是需要一定的功底的.
https://wap.sciencenet.cn/blog-479743-447982.html
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