正选择分析之 Branch site model 篇（By Raindy）

热度 2 高芳銮 2015-9-23 10:01

絮语： 　　 关于 CodeML中的几种模型， 这里就不科普了， 推荐研读2015 年 Nature Reviews Genetics 的 这篇综述： 　　 Sironi M, Cagliani R, Forni D, Clerici M. Evolutionary insights into host-pathogen interactions from mammalian sequence data. Nature Reviews Genetics, 2015, 16: 224-236. ...

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EasyCodeML开放测试，欢迎试用！

热度 1 高芳銮 2015-7-7 19:53

******************************************************************* EasyCodeML: an interactive visual tool for CodeML analysis ******************************************************************* 　　对于基因或基因组的进化分析，特别是正选择的检测以及不同分支的选择约束，PAML是最常用的工具包 ...

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群体历史动态推断之Mismatch distribution篇

热度 2 高芳銮 2015-6-23 15:54

引言： 　　当群体处于扩张时，理论上我们可以计算出扩张前或扩张后的群体大小以及发生扩张的时间。 错配分布（Mismatch distribution）是以 可视化方式 体现 群体 历史动态的一种方式。 一般群体在过去经受扩张或持续增长，其错配分布 曲线 会呈现单峰泊松分布，且Tajima's D 和Fu's F s等中性检验 ...

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图解核苷酸替代模型的选择 - ModelGenerator 篇(By Raindy)

热度 2 高芳銮 2014-6-18 20:55

【絮语】 　　关于核苷酸替代模型的选择，本人空间已经先后介绍了MrModel、Modeltest、jModelTest等软件的使用图解， 这些软件各有优缺点。这里介绍另一款替代模型的选择软件- ModelGenerator 。相比较而言，该软件是目前唯一一款可以同时支持核苷酸（56种）和氨基酸（96种）替代模型的选择，且 ModelGenerator ...

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基因重组分析及检验图解教程（Simplot 篇）

高芳銮 2014-5-20 20:11

【 絮语】 　　基因重组是病毒进化的一个重要机制，通过基因重组病毒可以产生大量的遗传变异，这远比仅仅由突变造成的变异来得更快。为揭示基因 重 组等遗传机制在某些基因进化中的作用，通常需要开展重组分析，以获得可能存在的重组信号，并通过相应的方法进行潜在重组信号的可靠性检验。年前受多位群友之邀（生 ...

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图解核苷酸替代模型的选择 - jModelTest 篇(By Raindy)

热度 6 高芳銮 2014-5-4 23:07

【絮语】 　　 系统发育分析中， 最大似然法（ML）和贝叶斯法（BI）是对替换模型非常敏感的两种算法 ，因此利用ML法或BI法重建系统发育树前，核苷酸替换模型的选择是必不可少的过程。目前， 核苷酸替换模型的选择软件目前常见有MrModelTest、ModelTest和jModelTest等，前两者以命令行操作，虽然借助 MrMTgui 等程序 ...

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“借来还去”法在序列重命名中的应用

高芳銮 2014-4-23 21:38

我国民间流传着这样一则故事： 　　一老农临终时决定 17 头牛作为遗产分给 3 个儿子， 大儿子分得二分之一，二儿子分得三分之一，小儿子分得九分之一，但不能把牛杀掉或卖掉。三个儿子按照老人的要求怎么也不好分。后来一位邻居用“借来还去”法顺利地把17头牛分完了： 先借一头牛，按要求分牛完毕（老大9头， ...

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