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Raindy 注:Oz分离物(O株系),Mont分离物或N-605分离物(N株系),N、O株系为PVY重组分离物的亲本,故而这些分离物可以作为PVY重组分析的参考序列。
操作流程:
1. 序列分组后比对序列,如下图,红色圈处为参考序列组,蓝色为待分析的P1基因不同分离物。当序列名称前几个字符相同时(如下图的FJ),Simplot程序会自动将其归为一组。针对这个特点,在给不同的参考序列组命名时,建议采用独特的名称,便于Simplot自动分组。
序列比对完成后,建议保存为*.fasta格式。
2.运行Simplot,默认打开SeqPage,此时点击菜单上的“File”-“Open”-选择上步保存的fasta文件,默认所有序列被选中。对于待分析的序列组,建议逐个选择进行分析,如下图的F组,可以先选定FJ|QK44。
此时切换到“Simplot”标签,再点击菜单栏“Command”-“Query”-选择“F”。
此时,右下角的“Start Scan”由原来的灰色显示为高亮,点击该按钮即可开始分析,结果如下图所示,说明QK44分离物可能存在重组信号。
同样,当分析LY30分离物时,Simplot结果显示,该分离物的P1基因与Oz分离物的核苷酸序列一致性最高(超过95%),表明LY30可能不存在重组信号。
3. 结果输出 Simplot绘制的点图可以直接保存BMP图片或图元文件,但可能分辨率达不到期刊的要求,因此推荐将数据导出,在Excel中或相关软件中绘制,点击菜单栏的“File”-“Save Chart Values as CSV”即可将数据导出为CSV格式。
在Excel中打开,选择相应数据,“插入”-“折线图”进一步美化,如下图所示:
由于Excel转化PDF时,页面设置参数会发生变化,可能导致上图中的横坐标数据显示不全,故而也可以试试用R语言来重绘图片,效果如下图所示:
示例文章:
《马铃薯Y病毒福建分离物P1基因的分子变异和结构特征》:
http://www.chinagene.cn/Jwk_yc/CN/abstract/abstract21219.shtml
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