科研避坑经验 2022-04-07

    本人作为生物信息领域人员，积累的经验不多，踩的坑倒是不少。虽然阅历有限，但是不吐不快。下面我先列举一下我所踩过的坑，抛个砖，欢迎大家补 ...

(4244)次阅读|(7)个评论

inCITE-Seq以及“mRNA-核内蛋白”线性回归模型 2022-01-30

文献梗概： 1、作者开发了inCITE-Seq技术，检测细胞核内蛋白质和mRNA的含量；  2、作者建立了一个线性回归模型，通过“实验条件-批次-细胞类型-蛋白质含 ...

(1309)次阅读|(0)个评论

当审稿人质疑你的数据规模 2021-12-23

    湿实验室对新鲜出炉的测序数据（例如：scRNA-Seq）完成分析后，可能会面临审稿人的如下质问：“ 鉴于scRNA-Seq数据中，每个细胞类型的规模太小， ...

(2920)次阅读|(0)个评论

生物信息学中的统计检验大起底 2021-12-22

  曾经以为数学各个分支在生物信息学中具有相似的地位。读博以后才知道统计检验的重要性。看《Nature》《Science》《Cell》等大杂志中，哪怕是纯实验的研 ...

(3048)次阅读|(0)个评论

关于深度学习和单细胞数据分析的一点笔记 2021-12-06

    首先，深度学习（Deep Learning，DL）的最大优势就是通过一连串分层次的基本运算挖掘单细胞数据内部的复杂关系。在这一点，两者是非常“般配”的 ...

(1975)次阅读|(0)个评论

scATAC-Seq数据预处理和基础分析流程 2021-08-26

转坐酶（ Transpose ）检测染色质开放性（ Accessibility ）结合高通量测序（ Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput sequen ...

(8991)次阅读|(0)个评论

单细胞转录组测序的完整分析流程 2021-06-05

    作为数学出身的生物信息学研究员，设计模型和开发算法是我们的强项。但是短板在于不得不依赖合作者提前将数据处理成我们所“认识”的格式，例如 ...

(9404)次阅读|(0)个评论

肿瘤微环境基础知识汇总 2021-05-19

    肿瘤微环境 （英语：Tumor microenvironment）是指肿瘤细胞存在的周围微环境，包括 周围的血管、免疫细胞、成纤维细胞、骨髓源性炎 ...

(3408)次阅读|(0)个评论

查看更多