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Xiaowuguijinniu

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名词解释| R语言| QIIME 2| Metawrap| 基因家族| 基金项目申请|

[转载]系统发育分析常见问题: 吴潇 2020-7-7 18:02; 1.什么序列适合建树？（建树的前提）很多同学老师都习惯性的拿到序列，直接多重比对后，顺手拿个软件就直接建树。殊不知，有些序列根本就不适合建树，构建的系统发育树根本没有意义，不过徒增一个冗余数据而已，这种情形也常见于一些国内期刊中。首先我们要明确建树都有一定的前提，比如：对于核苷酸序列，其中 ...; 7017 次阅读|没有评论

[转载]多序列比对，进化树分析，保守位点分析: 吴潇 2020-7-7 17:19; 多序列比对 Clustalw，Clustalx 与 MEGA的下载安装 Clustalw 下载链接： http://www. clustal.org/download/cu rrent/clustalw-2.1-win.msi Clustalx 下载链接： http://www. clustal.org/download/cu rrent/clustalx-2.1-win.msi MEGA 下载链接： http://www. megasoftware.net/releas es/MEGA7.0.26_ ...; 个人分类: 基因家族|5831 次阅读|没有评论

[转载]构建进化树---保守序列的选择: 吴潇 2020-7-7 16:33; 一、什么是保守序列保守序列（Conserved Sequence ）：指DNA分子中的一个核苷酸片段或者蛋白质中的氨基酸片段，它们在进化过程中基本保持不变。摘自百度百科。二、构建进化树过程中，为什么选择保守序列在系统发育分析中需要构建系统发育树说明物种之间的进化关系，系统发育树的构建基于不同物种间的同源序列（ ...; 个人分类: 基因家族|9592 次阅读|没有评论

[转载]比对及用Gblocks处理比对序列: 吴潇 2020-7-7 16:23; 多序列比对是进化分析的基础，有时用来区分一组序列之间的差异，但其主要用于描述序列之间的相似性关系，常用的软件有 Muscle / MAFFT / ClustalW / T-coffee。 2004年Robert C. Edgar发表的文章对这几个软件进行了评估，在准确性和速度方面，Muscle的综合性能是最高的。 01 MUSC ...; 个人分类: 基因家族|8430 次阅读|没有评论

[转载]选择压力分析之EasyCodeML完整篇（By Raindy）: 吴潇 2020-7-7 13:52; 絮语：自然选择是五种遗传力（突变、重组、选择、基因流、漂变）之一，选择压力分析更是进化分析中不可或缺的一项重要内容。虽然本人也整理过包括《 PAML FAQ 》、《正选择分析之 Branch site model 篇（ By Raindy ）》和《 EasyCodeML 使 ...; 个人分类: 基因家族|3015 次阅读|没有评论

[转载]基于全基因组的基因家族分析（2）：SlNRAMP家族基因成员鉴定: 吴潇 2020-6-29 08:06; 1.找到你所感兴趣的基因家族番茄（ Solanum lycopersicum ），最喜爱的蔬菜水果之一。摘录维基百科最基本的介绍，详细了解番茄的起源，自行Google。小编还是喜欢 Transporter gene family，就觉得特别有意思。植物对于各种营养元素的吸收，都需要其帮助，一旦缺少了，轻则营养不良，重则一命呜呼。本次流程， ...; 个人分类: 基因家族|3488 次阅读|没有评论

[转载]本地blast: 吴潇 2020-6-29 07:58; 1、格式化数据库命令： makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname 参数： -in：待格式化的序列文件 -dbtype：数据库类型，prot或nucl -parse_seqids：自动解析seqid -out：数据库名 2、蛋白序列比对蛋白数据库命令： blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 - ...; 2850 次阅读|没有评论

[转载]Alpha多样性与箱线图: 吴潇 2020-6-10 09:02; Alpha 多样性概念和常用指数物种多样性主要从三个层面进行衡量，分别是 α 多样性、 β 多样性和 γ 多样性。每个衡量尺度所呈现的多样性角度不同。 Alpha 多样性也被称为生境内多样性（ within-habitat diversity ），是指一个特定区域或生态系统内的多样性。以医学领域为例， α ...; 12716 次阅读|没有评论

[转载]SCI论文投稿全程模板: 吴潇 2020-6-10 08:05; 做了好的医学研究，无论是临床研究还是基础研究，都希望将研究成果发表出来给更多的读者看到。积极撰写英文学术论文，投稿到国外学术期刊直至成功发表刊登，是一个宝贵的经历，我把投稿全过程的模板分享如下。 ——刘玥最初投稿Cover letter Dear Editors:We would like to submit the enclosed manuscript entitled ...; 2055 次阅读|没有评论

[转载]图解核苷酸替代模型的选择 - ModelGenerator 篇(By Raindy): 吴潇 2020-6-10 08:03; ModelGenerator 是目前唯一一款可以同时支持核苷酸（56种）和氨基酸（96种）替代模型的选择，且 ModelGenerator 以快速著称，尤其适用于大数据。　　官方网站： http://bioinf.nuim.ie/modelgenerator/ 　　运行环境：java + Jdk 　　下载地址： http://bioinf.nuim.ie/wp- ...; 2391 次阅读|没有评论

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