ModelGenerator是目前唯一一款可以同时支持核苷酸（56种）和氨基酸（96种）替代模型的选择，且 ModelGenerator 以快速著称，尤其适用于大数据。
　　官方网站： http://bioinf.nuim.ie/modelgenerator/
　　运行环境：java + Jdk
　　下载地址：http://bioinf.nuim.ie/wp-content/uploads/2011/09/modelgenerator_v_851.zip

【操作】
　　1. 从官网下载 ，并解压缩本地计算地目录下，如：D:BiosoftsModelgenerator

　　2. 在Windows的“开始”菜单输入“cmd”回车，通过命令行将当前目录切到Modelgenerator所在的目录下（ 如 D:BiosoftsModelgenerator）：

　　3. 运行的命令行如下：java -jar modelgenerator.jar PVYP1.fas 4
注：
　　PVYP1.fas 为比对后的序列文件，可以fas格式，也可以是Phyip格式； 
　　4为 Gamma 分布类别数（num_gamma_categories）

　　4.  结果解读：
　　运行结束后，目录下会生成一个 modelgenerator0.out 文件，可以用记事本类工具I打开，基于AIC标准，示例数据的最佳模型为GTR+G，如下图。

【注意】

　　1.当处理大数据遇到内存不足时，可以加 java的 -Xmx 参数来运行，如 java -Xmx200m modelgenerator.jar PVYP1.fas 4 (内存值可根据实际调整)。

 　　2.当不同选择模型软件得到不同模型及参数时，推荐优先选择由Modelgenerator得到的模型及参数，如下图所示：

(E.M. Goss, J.F. Tabima, D.E. Cooke, S. Restrepo, W.E. Fry, G.A. Forbes, V.J. Fieland, M. Cardenas, and N.J. Grunwald. The Irish potato famine pathogen Phytophthora infestans originated in central Mexico rather than the Andes. PNAS, 2014.)

本文来自高芳銮科学网博客，链接地址：http://blog.sciencenet.cn/blog-460481-804509.html