博文
- 【方法篇】通过标记手段分析蛋白N-肉豆蔻酰修饰
- 蛋白标记手段在研究和辨别蛋白发生修饰类型实验中有重要作用。 此篇介绍的是被称为肉豆蔻酰化的蛋白翻译后修饰位点，肉豆蔻酰化是一种由肉豆蔻酰CoA（后文简称NMT）催化的反应，将肉豆蔻酸（C14饱和脂肪酸）转移到蛋白质N端的反应。大肠杆菌是内源性不含有NMT，用来共表达NMT和被标记的目标蛋白，含有一个可以进行豆蔻 ...
- 【方法篇】基于LC-MS/MS手段分析与MHC结合的肽序列
- 此文1200字，阅读需要5分钟 肽抗原与主要组织相容性复合体（MHC）编码的分子结合，并呈现在细胞表面形成T淋巴细胞的靶分子。自适应免疫系统这一关键环节可有助于消灭病原体感染细胞和癌症细胞，以及产生相应抗体，那么对这些抗原肽的鉴定，给新疫苗开发带来新的契机，新疫苗的目标就 ...
- 【方法篇】研究RNA互作结合蛋白（RBPs）的方法
- 由于RNA结合蛋白（RBPs）显著的生物学功能，它们的表达情况和活性状态能否提供细胞系统的诸多信息。科学家们最近开发了一种新的技术手段，可称为相互作用体捕获手段，用于识别细胞中的活性RBPs。利用紫外线交联RBPs与RNA聚合物，并通过寡聚dT磁珠共价结合蛋白质。经过清洗后，再通过质谱检测结合蛋白。此实验 ...
- 【方法篇】不同处理方法对质谱分析互作蛋白的影响
- 特殊名词： AP-MS 亲和纯化-质谱联用 PPIs蛋白质-蛋白质相互作用 on-beads 对亲和珠子上结合蛋白直接进行酶切处理 elution-digestion 洗脱后溶解内进行消化 mass spectrometry interaction statistics(MiST) 质谱相互作统计 on-bead digestion in ammonium bicarbonatebuff ...
- 【工具篇之四】Scaffold 软件中Protein View功能崭露头角
- 蛋白视图 此视图窗一共3个不同的相关联窗格构成，包括选取感兴趣蛋白窗口、人工截取谱图窗口和鉴定肽段、以及查看蛋白覆盖率和其他的质谱实验相关参数等。如图1所示 不同的窗口大致如下： 蛋白窗口，它提供了两个相互不同的定位目标蛋白和显示所选择蛋白特性的窗口。 ...
- 【工具篇之三】Scaffold 软件中Sample View功能小试牛刀
- 样本视窗（S ample View） 样本视窗主要包括下面4个主要功能： 样本蛋白表格，蛋白鉴定实验结果的全局展示 过滤样本功能，可以通过一些方法增加或者减少表格中蛋白展示数目 展示窗口，提供选项可大致分析表达差异，或者根据不同修饰进行筛选过滤 信息窗口，展示GO或者样本详细信息。 ...
- 【工具篇之二】Scaffold 4软件界面初相识
- Scaffold设计目的是旨在帮助科学家们找到他们生物样本中的蛋白，通过利用当前搜库软件导出的文件，例如：SEQUEST®, Mascot®, MaxQuant, X! Tandem和PD等，并对这些文件进行阐释，使科学家们更容易更快捷的从大数据中获取想要的信息，比较样本之间的差异以及搜索蛋白修饰。使找寻数据更加容易，可找到部分 ...
- 【工具篇】怎样使用Scaffold查看蛋白质二级谱图
- 下载Scaffold free viewer Scaffold是一款可视化质谱数据分析软件，一个ID号只能绑定一台电脑的商业化收费软件，但是可以下载其免费版ScaffoldViewer进行数据解析，此文主要介绍查询二级肽段谱图功能，此软件Scaffold Viewer只能打开商业版scaffold生成的任意*.SF3文件，然后就可以对数据进行 ...
- 【方法篇】S-棕榈酰化蛋白修饰质谱鉴定方法
- 本文1000字，阅读需要5分钟 S-脂酰化是长链脂肪酸主要是棕榈酸酯（C16:0, S-棕榈酰化）通过与蛋白质上的硫酯连接与半胱氨酸（Cys）残基共价链接。此可逆的翻译后修饰在真核生物中调节蛋白定位，哺乳动物生理学过程以及人类疾病。 此处文章主要简单介绍了脂肪酸化学标记物与羟胺介导的S-脂酰化蛋白富集的整合和 ...
- 【思路篇】一种研究蛋白甲基化修饰新思路
- 此文1000字，阅读需要5分钟 蛋白甲基化是一种普遍存在的翻译后修饰，并且在生物体中参与转录，信号转到与DNA损伤修复等重要过程。甲基化反应是由甲基转移酶（MTase）介导的，它将活化的甲基集团从S-腺苷-L-甲硫氨酸（SAM）转移到氮氧硫为核心的氨基酸残基上。 通过对甲基化蛋白组进行全局分 ...
