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【工具篇之二】Scaffold 4软件界面初相识

已有 5312 次阅读 2019-4-6 19:16 |个人分类:蛋白质组学生信软件|系统分类:论文交流

Scaffold设计目的是旨在帮助科学家们找到他们生物样本中的蛋白，通过利用当前搜库软件导出的文件，例如：SEQUEST®, Mascot®, MaxQuant, X! Tandem和PD等，并对这些文件进行阐释，使科学家们更容易更快捷的从大数据中获取想要的信息，比较样本之间的差异以及搜索蛋白修饰。使找寻数据更加容易，可找到部分丢失的信息和数据，例如，可使科学家们导出未被鉴定的谱图，然后可以进行再次搜索找到特定的蛋白。

Scaffold分析流程图

先对原始数据进行搜库（使用SEQUEST或Mascot等），然后生成的文件导入Scaffold软件，如下图1：

图1

Scaffold主窗口

主窗口含有一些了的选择框，每一个窗口有各自的独特功能对数据进行分析。下图是主窗口的说明和示例，如图2所示。

图2

导航栏

主要包括文件，编辑，视窗，实验，导出，定量，窗口和帮助等选项，如下图3所示

图3

下表主要是对每一个导航栏内部内容的详细解释说明，如下表：

菜单

菜单指令

文件

• Open—打开已经生成的SF3文件

• Merge—将不同的SF3文件合并

• Close—关闭当前窗口，常规操作按钮

• Save—储存当前文件

• Save As—储存为其他形式文件

• Save Condensed Data—储存并压缩

• Print—打印当前界面

• Print Preview—打印预览

• Exit—退出当前窗口

编辑

• Copy—复制文件到其他文档.

• Find—在当前界面查询

• Edit Peptide Threshold—编辑多肽可信阈值

• Edit Go Terms Options—查看GO Term

• Bulk Operation—批量操作蛋白列表

• Preferences—参数设置

• Advanced Preferences—高级参数

视角

• Navigation Pane— 左侧导航栏显示选项

• Switch Sample View—选择样本展示方式

• Switch Display Options—切换蛋白展示选项

• Show Entire Protein Clusters—显示表格全部蛋白组

• Show Lower Scoring Matches—显示可信度低的蛋白

• Show <5% Probabilities—显示可信度低于5%的蛋白

• Show Sample Notes—展示蛋白信息栏

• Show Hidden Proteins—展示隐藏蛋白信息

• Show GO Annotations—展示GO注释

• Navigate—导航

实验

• Edit Experiment—编辑实验描述

• Edit BioSample—编辑样本名称

• Delete BioSample—删除样本

• Apply New Database—加载新的数据库

• Apply Protein Annotation Preferences—加载蛋白注释参数

• Apply Go Terms/Configure Go Annotations Sources—对样本进行GO注释加载GO数据库

• Quantitative Analysis— 定量分析

导出

• Subset DATABASE— 选择导出数据

• Spectra— 导出谱图

• ProtXML— 导出XML

• mzIdentML — 导出mzIdentML

• Scaffold Batch— 批量导出

• Scaffold Batch Archive— 批量导出文档

• Export To Excel: 下面是导出Excel

• Publication Report— 导出报告

• Samples Report—导出样本报告

• Spectrum Reports—导出谱图报告

• Peptide Reports—导出肽段报告

• Protein Reports—导出蛋白报告

• Current View— 导出当前视窗

• Complete— 导出整个报告

定量

窗口

此选项可以切换不同的窗口，然后并对窗口中特定区域进行放大切换。

帮助

帮助窗口可获取操作手册，关于内容，视窗，以及设置软件参数等提供相应参考资料。

工具栏介绍详情如下图所示：

符号	功能
	Open—打开SF3文件
	Save—保存
	Print—打印当前窗口
	Print Preview—打印预览
	Copy—复制
	Find—查找
	Excel—导出Excel
	BioSample Summarization level—生物样本分类
	MS/MS Sample Summarization level—质谱样本分类
	Quantitative Analysis—定量分析
	Help—寻求在线帮助