rpy2的安装 2023-01-24

1. 直接采用 python 和 R 安装 我这里 python 采用 python_v3.7.8 ， R 采用 4.1.0 版的，注意：搜索了一下，发现 R 3.xx 版的没有 libR. ...

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HiC-Pro3.1.0安装问题及解决办法 2023-01-12

1. 出现的问题 HiC-Pro 目前最新版是 3.1.0 ， github 官网上说这个版本仅支持 python3(>3.7) ，直接安装 HiC-Pro 在安装时不会报错，但 ...

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Compartment Saddle Plot分析细节 2022-12-08

cooltools saddle 命令： Usage: cooltools saddle COOL_PATH TRACK_PATH EXPECTED_PATH 具体运行如下： cooltools saddle --contact-type cis -- ...

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pybedtools filter bug 避坑 2022-12-05

bedtools 是使用率很高的生信工具，将其整合到 python 中 (pybedtools) ，可以方便的调用，这本来是一件很好的事，但是遗憾的是 pybedtools 还是很不成熟，存 ...

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人类基因组hg19及其注释 2022-02-25

从人类基因计划提出二十年来，人类基因组序列越来越完善，特别是近几年，随着三代测序技术的发展，人类基因组版本不断更新，例如 biorxiv 上最新发布的一篇 ...

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BUSCO 运行步骤 2021-09-05

Genome assembly assessment first identifies candidate regions to be assessed with tBLASTn searches using BUSCO consensus sequences. Gene structures ...

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Cytoscape3.8的安装 2021-07-21

目前最新版为 Cytoscape_3_8_2 ，安装如下： 按照要求 Cytoscape_3_8_2_windows_64bit.exe 必须安装 java8 。先从 java 官网下载到最新的 jre-8u2 ...

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通过vcf格式的SNP位点信息找到其对应的rs号 2021-01-06

例如通过 GATK 检测到某个样本 chr23:31649149 这个位点 SNP 信息如下。注：其中 chr23 即 chrX ，这里是为了分析流程方便用 chr23 代替 c ...

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