如何使用markdown写博客和微信公众号

邓飞 2018-10-11 20:25

主要介绍, 通过在Jupyter中添加R语言内核, 然后在里面进行交互式的编程, 结果输出markdown格式的文件, 再将其通过markdown here插件放到相关博客平台的操作方法. 1, 安装 anaconda 软件 首先, 下载安装anaconda软件，默认安装， 注意勾选, 添加路径path, 这样就不用在后续添加环境变量了 2，打开R语言，安装几个软件 ...

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如何使用R语言做Biplot双标图

邓飞 2018-9-28 19:41

双标图在品种鉴定中比较常用, 下面介绍如何使用R语言进行GGE双标图的绘制. 介绍GGEBiplotGUI软件包的使用 示例数据 处理步骤 如何没有按照GGEBiplotGUI, 那么通过install.packages命令进行安装 整理数据, 列为地点, 行为品种 导入数据, 行名为品种名, 列名为地点(行头), 第一列为第一个地点的产量 使 ...

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chrom markdown-here 插件测试

邓飞 2018-9-26 13:56

测试标题 测试代码 print(helloworld) 插件下载: Mark-here-chrom.crx 操作方法: 1, 书写markdwon语法 2, 快捷键转化: ctrl +shift +M 测试成功!!! ​

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R语言求解混合线性方程组（有系谱）

邓飞 2018-9-4 20:44

R语言求解混合线性方程组（有系谱） 王金玉, 陈国宏. 数量遗传与动物育种 . 东南大学出版社, 2004. 第十六章： BLUP育种值估计 用矩阵混合线性方程组计算：方差组分已知 数据 Y = Xb + Za + e dat - data.frame(id=c(4,5,6),sire = c(1,3,3),dam=c(2,2,4),y=c(200,170,180)) dat id s ...

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R语言求解混合线性方程组（无系谱）

邓飞 2018-9-4 20:39

R语言求解混合线性方程组（无系谱） 1，直接计算 数据 模型 X是固定效应矩阵，b是Herd Z是随机效应矩阵，u是Sire e是残差 矩阵的写法： 计算公式及结果 R语言代码 # data y=c(110,100,110,100,100,110,110,100,100) X = matrix(c(1,1,0,0,0,0,0,0,0, + ...

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asreml中sln文件多性状的分解

邓飞 2018-9-2 11:40

背景 使用asreml分析数据时， 得到的是sln数据，进行多性状分析或者随机回归分析时，sln中的Level是1.001，小数点前面的1表示第一个性状，后面的001表示ID。 有时候需要将1.001分为1和001，R中的tidyverse中的separate可以分割，但是由于data.table中的fread读取时，将1.001当作数字，在分割时，1.010和1.100都分割为1 ...

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基因组选择常见问题FAQ

邓飞 2018-8-30 20:27

基因组选择常见问题FAQ 文献: FAQ for genomic selection 这是一篇文献, 介绍GS常见的问题, 翻译并学习. 1, 我听说如果有1000个动物的基因型和表型值, 就可以进行全基因组选择, 并且准确性可以保持很多代, 这是真的么? 假的! 随着选择世代的增加, 准确性会下降, 因此需要不断的更新测序群体. 需要不断更新参考群, ...

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全基因组选择GS软件: MiXBLUP 2.1介绍

邓飞 2018-8-18 14:24

MiXBLUP 2.1 使用系谱信息和基因组信息估计育种值 软件介绍 MiXBLUP是一款遗传评估软件, 适合所有的育种机构. 它可以利用系谱和基因组信息估计育种值, 给出方差组分. MiXBLUP可以加快育种进程, 加大遗传进展, 使用简单, 非常适合数据量大, 模型复杂的运算. 它还支持各种亲缘关系矩阵, 比如系谱构成的A矩阵, SNP构 ...

个人分类: 数量遗传学|4207 次阅读|没有评论

MiXBLUP 命令文件

邓飞 2018-8-18 14:01

下面以两性状（bw1,bw2）动物模型为例，看一下他的代码文件 包括六个部分 分析描述文件 TITLE breeding value estimation for phen1 and phen2 using pedigree 观测值和固定因子，定义表型文件data.csv Observations systematic effects DATAFILE ExampleDat.txt !MISSING -99 animal A fix1 A fix2 I cov R ...

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