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MiXBLUP 命令文件

已有 1724 次阅读 2018-8-18 14:01 |个人分类:数量遗传学|系统分类:科研笔记

下面以两性状(bw1,bw2)动物模型为例,看一下他的代码文件

包括六个部分

  • 分析描述文件
    TITLE breeding value estimation for phen1 and phen2 using pedigree

  • 观测值和固定因子,定义表型文件data.csv

    Observations & systematic effects

    DATAFILE ExampleDat.txt !MISSING -99
    animal A
    fix1 A
    fix2 I
    cov R
    ran A
    phen1 T
    phen2 T
    blk I

  • 个体间的亲缘关系,定义系谱文件pedigree.csv

    Genetic similarity among individuals

    PEDFILE ExamplePed.txt
    animal A
    sire A
    dam A
    blkped I

  • 性状的方差协方差组分,定义方差协方差文件

    Components of variance and covariance among traits

    PARFILE ExamplePar.dat

  • 统计模型,定义模型

Statistical models

MODEL
phen1 ~ fix1 cov !RANDOM ran G(animal)
phen2 ~ fix2 cov !RANDOM ran G(animal)

  • 分析和结果输出

Control of analysis and output

SOLVING
!MAXIT 1000

语法介绍

The field type indicates whether a field in the data file should be read as an integer value (I), a real value for covariates (R), a real value for a trait (T) or a text string (A).

Defines the type of the variable in this field. Available types are I, R, T and A.
I for integer values
R for real values
T for trait
A for alphanumerical values

I 整数
R 协变量
T y变量
A 字符



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