博文
- 置顶 · 提供数据分析服务-本帖长期有效（5月更新）
- 本人从事林业统计分析，主编R与ASReml软件的教材2部，主译学术专著1部。熟悉植物遗传评估，擅长R软件与ASReml软件。熟悉R编程，包括常见的基础统计（方差分析、协方差分析、t检验等）和高级统计（主成分分析、聚类分析、判别分析等）；同时，也善于使用R软件进行图形的绘制，包括高级程序包ggplot2和lattice；此外，本 ...
- ASReml-R与阈性状(threshold trait)分析
- 阈性状 (threshold trait )：性状数值达到某一特定值时表现为正常，达不到则为不正常，如血压，血糖含量、生物的抗病力等，在数据方面以0、1表示，属于二元数据分布。ASReml也可以轻松应付 阈性状，通过family参数选择 binomial函数来分析 。 举一个简单的例子： 1 2 ...
- AAfun程序包中mc.se()的改进
- MCMCglmm程序包也可做类似ASReml的分析，只是结果的输出，没有ASReml的直观。因此，参照ASReml的输出格式，对MCMC的结果输出稍作调整，即是AAfun程序包中mc.se()的功能所在。 以MCMC分析双性状为例： 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 2 ...
- 【5.21更新】自编程序包AAfun的一些功能（之二）
- AAfun程序包，最近又做了更新，对应的例子脚本AAfun.R也更新了，请感兴趣的朋友到网盘 http://yzhlin-asreml.ys168.com/ 上下载。此博客今后只增加更新的记录，不再上传更新的程序包AAfun。 更新记录： 5.21更新：增加ir2r.sp()功能；spd.plot()增加了参数na。 5.19更新：增加mc.se()功 ...
- 自编程序包AAfun的一些功能（之一）
- 本人在ASReml-R程序包的使用中，编写了一个程序包AAfun，增加一些额外的函数，作为ASReml-R的辅助。主要功能如下： 功能一、asreml.pin，用于计算遗传力、遗传相关等参数，并得到遗传相关的显著性水平。 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 ...
- ASReml-R与复杂模型
- ASReml到底能分析多复杂的数据，因受版本的限制，这里只演示ASReml-R。此外，由于没有现成的试验数据，因此采用R程序包agridat里内置的高粱和油菜数据为例，进行复杂模型的探究。模型不一定有现实意义，目的只是想看看可以处理哪些复杂的模型。遗憾的是，这些数据没有行列号，不然，还可探究能否加入空间模型。 ...
- ASReml计算遗传力
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- 计算遗传力，对于ASReml来说，是件简单的事情。但是要清楚遗传力的类型和求算公式，以及对应的方差分量。现举个简单的例子，目标性状为树高，固定效应为区组，随机效应为家系，求家系树高的单株遗传力。ASReml win版本计算遗传力，是通过 !PIN 的命令来实现的。通过 !PIN来确定计算公式。此例中，hi=4*Vf/(Vf+Ve)。Vf:家系 ...
- ASReml V4.0的新特性
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- ASReml的软件开发者Arthur Gilmour一直在坚持软件的不断升级和更新，对于一位年过60的人来说，实属不易。ASReml现已开发至4.0版。自4.0版起，基本不用设置初始值，先前的版本看起来比较professional，现在的版本相比而言，似乎更傻瓜化，犹如单反相机与数码相机。ASReml4.0的代码格式，更趋于asreml-r的格式。 举个 ...
- 大学课程内容难易的设计
- 在新西兰执教的Lius(http://www.quantumforest.com/)，是一名林业数量遗传学家，精通多种统计软件和编程语言，看了一篇他的博文，有关其教学内容难易的设置。他说，课程太容易了，那些少数的好学生会觉得索然无味，从而厌倦课程；但是课程增加难度了，又使得绝大多数的学生跟不上，从而也厌倦课程。如何拿捏一个平衡点，确 ...
- 不规则空间分析之ASReml-R篇
- 我们已经知道，与 RCB 或 RIB 设计相比，空间分析可以减少试验误差并提高农作物品种评估的准确性。在林业上，空间分析可明显提高种源、家系、亲本和无性系遗传效应估算的准确性。 在前面的博文(http://blog.sciencenet.cn/blog-1114360-735785.html)中，已经演示了空间分析模型，但那 ...
