博文
- 置顶 · 提供数据分析服务-本帖长期有效（5月更新）
- 本人从事林业统计分析，主编R与ASReml软件的教材2部，主译学术专著1部。熟悉植物遗传评估，擅长R软件与ASReml软件。熟悉R编程，包括常见的基础统计（方差分析、协方差分析、t检验等）和高级统计（主成分分析、聚类分析、判别分析等）；同时，也善于使用R软件进行图形的绘制，包括高级程序包ggplot2和lattice；此外，本 ...
- ASReml-R与复杂模型
- ASReml到底能分析多复杂的数据，因受版本的限制，这里只演示ASReml-R。此外，由于没有现成的试验数据，因此采用R程序包agridat里内置的高粱和油菜数据为例，进行复杂模型的探究。模型不一定有现实意义，目的只是想看看可以处理哪些复杂的模型。遗憾的是，这些数据没有行列号，不然，还可探究能否加入空间模型。 ...
- ASReml计算遗传力
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- 计算遗传力，对于ASReml来说，是件简单的事情。但是要清楚遗传力的类型和求算公式，以及对应的方差分量。现举个简单的例子，目标性状为树高，固定效应为区组，随机效应为家系，求家系树高的单株遗传力。ASReml win版本计算遗传力，是通过 !PIN 的命令来实现的。通过 !PIN来确定计算公式。此例中，hi=4*Vf/(Vf+Ve)。Vf:家系 ...
- ASReml V4.0的新特性
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- ASReml的软件开发者Arthur Gilmour一直在坚持软件的不断升级和更新，对于一位年过60的人来说，实属不易。ASReml现已开发至4.0版。自4.0版起，基本不用设置初始值，先前的版本看起来比较professional，现在的版本相比而言，似乎更傻瓜化，犹如单反相机与数码相机。ASReml4.0的代码格式，更趋于asreml-r的格式。 举个 ...
- 不规则空间分析之ASReml-R篇
- 我们已经知道，与 RCB 或 RIB 设计相比，空间分析可以减少试验误差并提高农作物品种评估的准确性。在林业上，空间分析可明显提高种源、家系、亲本和无性系遗传效应估算的准确性。 在前面的博文(http://blog.sciencenet.cn/blog-1114360-735785.html)中，已经演示了空间分析模型，但那 ...
- 多地点试验—G×E分析之ASReml-R篇
- 多地点试验(Mulit-Environment Trials, MET)，一般分为3个阶段：首先为初试阶段，试验地点较少，试验重复也较少，但参试遗传材料较多；其次为中试阶段，试验地点在10~15个，重复在3~4次，参试遗传材料在30~50个；最后为大规模试验阶段，试验区域更广、地点更多，而且多年份测定。在ASReml软件中，可以使用因子分析法(Fact ...
- 双列杂交试验之ASReml-R篇
- 某林木有8个亲本，进行双列杂交试验，随机完全区组设计，下设2区组。目标性状为10年生胸径。 分析代码如下： 1 2 3 4 5 6 7 8 #################### diallel mate design ######################## library(asreml) df-asreml.read.table(file='dial.to.csv',header=T,sep=',' ...
- G×E分析之ASReml-R篇
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- 为研究种植密度对辐射松生长性状的影响，以55个半同胞家系为试验材料，设置3种种植密度( S1：1×1m，S2：1×2m 和 S3：2×3m)，每种植密度下设置5个区组，4株行式小区。试验设计为随机完全区组设计。在28年生的该试验林分，对所有存活树钻取1.3m处的木芯(15mm)，共1456个木芯。测量数据分两套：一套 ...
- 空间分析之ASReml-R篇
- 空间分析(spatial anlaysis )已被用于农作物品种的田间试验，试验结果表明，与RCB或RIB设计相比，空间分析可以减少试验误差并提高农作物品种评估的准确性。林业试验与农作物品种试验有些相似，都需要考虑地点的差异性。然而，林业试验又不同于农业的，因为林业试验材料一般来源于杂交，而且试验材料 ...
- 双性状分析之ASReml-R篇
- 数据集与单性状的一样，以心材密度dj和5年生树高h5为目标性状，进行双性状的分析。 在做双性状分析前，一般先对各性状进行独自的单性状分析，获得各自的最佳模型，得到各性状的加性遗传方差和误差方差，对于后续双性状分析的模型，可以用于R结构和G结构的初始值设置。 asrem ...
- 单性状分析之ASReml-R篇
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- 以 5 年生的树高 h5 为目标性状，进行单性状分析。将区组 Rep 视为固定效应，家系 Fam 和小区 Plot 视为随机效应，分析代码如下： 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 ############ 代码清单 ########## setwd( “d:\asreml_data\da ...
