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AlphaFold2是怎样实现蛋白质结构预测的1+2等于3的?
周耀旗 2021-7-17 15:48
导读:2009年,我在马剑鹏 教授 所组织的 Telluride Workshop 作了关于《什么样的1和2会得到3:蛋白质的三维结构?》( What are the ‘1’ and the ‘2’ that would lead to the ’3’ - the three-dimensionalstructures of proteins ) 的报告。现在, 这个1+2=3的问题终于被 AlphaFold2用 端 ...
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SPOT-RNA-1D: RNA主链二面角的预测
周耀旗 2021-5-29 20:27
导读: 许多疾病(包括癌症)跟非编码 RNA 相关,但是我们对它们的了解甚少,因为用于理解它们功能机制的结构很难被 X射线晶体衍射、核磁共振和冷冻电镜等物理方法所解析。没有机制的理解,就没有彻底解决疾病的手段,所以通过计算来预测RNA结构,大幅度提高其精度势在必行。长期以来,RNA结构的预测集中在二级结构 ...
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BRiQ-RNA: 一个对RNA近天然态结构的高精度优化修正的方法
周耀旗 2021-5-19 09:43
导读 :蛋白质和RNA结构的实验解析远远满足不了需求,计算预测成为必须。蛋白质结构预测难,RNA结构预测更难,而对预测的结构模型进行的高精度修正更是难上加难。以熊鹏博士为第一作者,詹剑博士和 我 为通讯作者,与中山大学的巫瑞波教授合作一起发展的BRiQ-RNA方法可以对接近天然态结构的初始RNA结构模型有效 ...
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平地惊雷:AlphaFold2解决了蛋白质结构预测的问题?
热度 3 周耀旗 2020-12-2 21:44
平地一声惊雷,Google的 AlphaFold2在今年第14届蛋白质结构预测的比赛(CASP14)中对大部分的蛋白实现了原子精度或者接近原子精度的结构预测,把学术界的预测远远甩在后面,不仅仅计算生物学家而且实验结构生物学家也被震惊了。 AlphaFold2预测的一个结构 甚至帮助 结构生物学家发现他们的错误,而另外一些结构,预测 ...
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从深度诱变的测序来推测RNA/蛋白质的三维结构
热度 2 周耀旗 2019-12-25 08:57
序列决定结构,结构决定功能,这是 RNA 和蛋白质这样的生物大分子的基本法则。这也是为什么 Nature / Science 杂志热衷于发表这些生物分子机器的精细结构的原因,因为只有知道了结构才能知道功能背后的原理。如果这些机器坏了,有了结构才能想方设法去修理,去改变。目前原子水平的高精度结构的解析主要靠 X ...
个人分类: 科技推广|6015 次阅读|2 个评论 热度 2
书里淘金:有功能的长非编码核糖核酸(lncRNA)到底有多少,怎样淘到它?
热度 4 周耀旗 2019-7-27 06:59
当年宋真宗 赵恒为了提倡读书而写下了 “ 书中自有黄金屋 ” , “ 书中自有颜如玉 ” 的名诗,这是 “ 知识就是力量 ” 的比较直白的说法。但我这里 “ 书里淘金 ” 的书是指写在我们人的每个细胞核里的由 4 个字母( ACGT )所组成的 30 亿字母长的 DNA 天书:我们每个人自己的基因组。如果能 ...
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蛋白质结构预测的重大突破
热度 9 周耀旗 2018-12-4 07:50
蛋白质是生物细胞内的分子机器,要想知道蛋白质是怎样工作的,就必须知道机器的结构。如果这个蛋白在某个疾病中起关键作用的话,有了它的结构,就可以设计药物分子来抑制它的功能,这就是为什么用实验方法来解出蛋白质结构出了无限多的 Nature,Science,Cell及众多个 ...
个人分类: 科技推广|13476 次阅读|18 个评论 热度 9
发现新型抗菌肽的长征
热度 7 周耀旗 2018-9-28 09:22
从2011年底在美国印地安纳大学开始的设想,经过八个研究组17个人近七年的共同努力,终于在我到了澳大利亚五年后变成了杂志上白纸黑字。虽然这是一篇关于发现新型抗菌肽的论文,但对于其他易于产生抗药性的疾病(例如癌症和病毒性感染)也有相当的指导意义,希望我们的文章能够在抗药性疾病药物的快速、有效研发带来积极的 ...
个人分类: 科技推广|9143 次阅读|10 个评论 热度 7
记件评估正在坑害这一代科研人才
热度 51 周耀旗 2017-11-12 08:15
记件工资是早期资本主义时代比较流行的一种方式,它表面上挺合理,按劳分配 。但由于资本家以此来尽量减少成本,而工人为了生存,不得不在很低的工资条件下工作很长时间,导致了臭名昭著的血汗工厂。但追求数量的后果往往是质量的不稳定,因为即使是熟练工人他也可以通过偷工减料来谋取最大 ...
个人分类: 政策评论|26740 次阅读|61 个评论 热度 51
申请美国博士研究生的自我陈述(Personal Statement)该怎么写?
热度 2 周耀旗 2017-11-4 19:56
申请美国大学的博士研究生除了考试成绩、简历之外,常常还要写一篇长短要求不一的《自我 陈 述》( Personal Statement )或者《目的陈述》( Statement of purpose )。 我在美国大学做老师的时候,曾经多次参与招生委员会的工作, 趁这次亲戚家的孩子让我帮她看看她的《自我 陈 ...
个人分类: 学生培养|24466 次阅读|4 个评论 热度 2

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GMT+8, 2021-7-25 12:19

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