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痛并快乐着：蛋白质结构预测的边角故事: 周耀旗 2022-7-20 10:46; 导读：2020年底，AlphaFold2在蛋白质结构预测的CASP比赛中实现了高精度预测，使得一个平时默默无闻的小众学科变成了家喻户晓的明星。 AlphaFold的成功是结构预测这个领域多年来的量变所导致的质变。其中二个重要的量变是从预测分类转变到预测连续的边和角（原子间距离和二面角）。这里，我主要讲讲首先实现的连续 ...; 个人分类: 科技推广|4578 次阅读|没有评论

切蛋白质分子，用牛刀能切出什么？: 热度 2 周耀旗 2022-2-8 10:22; 导读：俗话说杀鸡不用牛刀。假如用了牛刀，无论从哪里下刀，即一刀两断，这两块也无法自我组合满血复活，除非在恐怖片里；但是如果有医生在场紧急缝合，也许可以复活。在分子生物里面，一刀切向蛋白质所形成的两段，有“医生”帮助下能够复活的叫做辅助互补片段；在恐怖片中自我复合复活的叫做自我互补片段。我们课题 ...; 个人分类: 科技推广|3907 次阅读|2 个评论热度 2

拜托，AI还没有在RNA结构预测上获得重大进展！: 热度 4 周耀旗 2021-8-28 09:12; 昨天，几个科普公众号轰炸了朋友圈，下面是几个例子： “Science封面重磅：新型AI算法准确预测RNA三维结构 ” — 学术头条； “继AlphaFold之后又一结构预测里程碑，斯坦福团队AI算法精准预测RNA三维结构，论文为Science当期封面|专访”—DeepTech；“AI预测RNA结构登上Science封面，论文一作已成立药物 ...; 个人分类: 科技推广|7481 次阅读|6 个评论热度 4

AlphaFold2是怎样实现蛋白质结构预测的1+2等于3的？: 周耀旗 2021-7-17 15:48; 导读：2009年，我在马剑鹏教授所组织的 Telluride Workshop 作了关于《什么样的1和2会得到3：蛋白质的三维结构？》（ What are the ‘1’ and the ‘2’ that would lead to the ’3’ - the three-dimensionalstructures of proteins ）的报告。现在，这个1+2=3的问题终于被 AlphaFold2用端 ...; 个人分类: 科技推广|9193 次阅读|没有评论

SPOT-RNA-1D: RNA主链二面角的预测: 周耀旗 2021-5-29 20:27; 导读：许多疾病（包括癌症）跟非编码 RNA 相关，但是我们对它们的了解甚少，因为用于理解它们功能机制的结构很难被 X射线晶体衍射、核磁共振和冷冻电镜等物理方法所解析。没有机制的理解，就没有彻底解决疾病的手段，所以通过计算来预测RNA结构，大幅度提高其精度势在必行。长期以来，RNA结构的预测集中在二级结构 ...; 个人分类: 科技推广|4275 次阅读|没有评论

BRiQ-RNA: 一个对RNA近天然态结构的高精度优化修正的方法: 周耀旗 2021-5-19 09:43; 导读：蛋白质和RNA结构的实验解析远远满足不了需求，计算预测成为必须。蛋白质结构预测难，RNA结构预测更难，而对预测的结构模型进行的高精度修正更是难上加难。以熊鹏博士为第一作者，詹剑博士和我为通讯作者，与中山大学的巫瑞波教授合作一起发展的BRiQ-RNA方法可以对接近天然态结构的初始RNA结构模型有效 ...; 个人分类: 科技推广|4076 次阅读|没有评论

平地惊雷：AlphaFold2解决了蛋白质结构预测的问题？: 热度 3 周耀旗 2020-12-2 21:44; 平地一声惊雷，Google的 AlphaFold2在今年第14届蛋白质结构预测的比赛（CASP14）中对大部分的蛋白实现了原子精度或者接近原子精度的结构预测，把学术界的预测远远甩在后面，不仅仅计算生物学家而且实验结构生物学家也被震惊了。 AlphaFold2预测的一个结构甚至帮助结构生物学家发现他们的错误，而另外一些结构，预测 ...; 个人分类: 科技推广|13065 次阅读|4 个评论热度 3

从深度诱变的测序来推测RNA/蛋白质的三维结构: 热度 2 周耀旗 2019-12-25 08:57; 序列决定结构，结构决定功能，这是 RNA 和蛋白质这样的生物大分子的基本法则。这也是为什么 Nature / Science 杂志热衷于发表这些生物分子机器的精细结构的原因，因为只有知道了结构才能知道功能背后的原理。如果这些机器坏了，有了结构才能想方设法去修理，去改变。目前原子水平的高精度结构的解析主要靠 X ...; 个人分类: 科技推广|6777 次阅读|2 个评论热度 2

书里淘金：有功能的长非编码核糖核酸（lncRNA）到底有多少，怎样淘到它？: 热度 4 周耀旗 2019-7-27 06:59; 当年宋真宗赵恒为了提倡读书而写下了 “ 书中自有黄金屋 ” ， “ 书中自有颜如玉 ” 的名诗，这是 “ 知识就是力量 ” 的比较直白的说法。但我这里 “ 书里淘金 ” 的书是指写在我们人的每个细胞核里的由 4 个字母（ ACGT ）所组成的 30 亿字母长的 DNA 天书：我们每个人自己的基因组。如果能 ...; 个人分类: 科技推广|11242 次阅读|4 个评论热度 4

蛋白质结构预测的重大突破: 热度 9 周耀旗 2018-12-4 07:50; 蛋白质是生物细胞内的分子机器，要想知道蛋白质是怎样工作的，就必须知道机器的结构。如果这个蛋白在某个疾病中起关键作用的话，有了它的结构，就可以设计药物分子来抑制它的功能，这就是为什么用实验方法来解出蛋白质结构出了无限多的 Nature，Science，Cell及众多个 ...; 个人分类: 科技推广|15126 次阅读|18 个评论热度 9

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