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AlphaFold2是怎样实现蛋白质结构预测的1+2等于3的？: 周耀旗 2021-7-17 15:48; 导读：2009年，我在马剑鹏教授所组织的 Telluride Workshop 作了关于《什么样的1和2会得到3：蛋白质的三维结构？》（ What are the ‘1’ and the ‘2’ that would lead to the ’3’ - the three-dimensionalstructures of proteins ）的报告。现在，这个1+2=3的问题终于被 AlphaFold2用端 ...; 个人分类: 科技推广|5214 次阅读|没有评论

SPOT-RNA-1D: RNA主链二面角的预测: 周耀旗 2021-5-29 20:27; 导读：许多疾病（包括癌症）跟非编码 RNA 相关，但是我们对它们的了解甚少，因为用于理解它们功能机制的结构很难被 X射线晶体衍射、核磁共振和冷冻电镜等物理方法所解析。没有机制的理解，就没有彻底解决疾病的手段，所以通过计算来预测RNA结构，大幅度提高其精度势在必行。长期以来，RNA结构的预测集中在二级结构 ...; 个人分类: 科技推广|2025 次阅读|没有评论

BRiQ-RNA: 一个对RNA近天然态结构的高精度优化修正的方法: 周耀旗 2021-5-19 09:43; 导读：蛋白质和RNA结构的实验解析远远满足不了需求，计算预测成为必须。蛋白质结构预测难，RNA结构预测更难，而对预测的结构模型进行的高精度修正更是难上加难。以熊鹏博士为第一作者，詹剑博士和我为通讯作者，与中山大学的巫瑞波教授合作一起发展的BRiQ-RNA方法可以对接近天然态结构的初始RNA结构模型有效 ...; 个人分类: 科技推广|2111 次阅读|没有评论

平地惊雷：AlphaFold2解决了蛋白质结构预测的问题？: 热度 3 周耀旗 2020-12-2 21:44; 平地一声惊雷，Google的 AlphaFold2在今年第14届蛋白质结构预测的比赛（CASP14）中对大部分的蛋白实现了原子精度或者接近原子精度的结构预测，把学术界的预测远远甩在后面，不仅仅计算生物学家而且实验结构生物学家也被震惊了。 AlphaFold2预测的一个结构甚至帮助结构生物学家发现他们的错误，而另外一些结构，预测 ...; 个人分类: 科技推广|10639 次阅读|4 个评论热度 3

从深度诱变的测序来推测RNA/蛋白质的三维结构: 热度 2 周耀旗 2019-12-25 08:57; 序列决定结构，结构决定功能，这是 RNA 和蛋白质这样的生物大分子的基本法则。这也是为什么 Nature / Science 杂志热衷于发表这些生物分子机器的精细结构的原因，因为只有知道了结构才能知道功能背后的原理。如果这些机器坏了，有了结构才能想方设法去修理，去改变。目前原子水平的高精度结构的解析主要靠 X ...; 个人分类: 科技推广|6015 次阅读|2 个评论热度 2

书里淘金：有功能的长非编码核糖核酸（lncRNA）到底有多少，怎样淘到它？: 热度 4 周耀旗 2019-7-27 06:59; 当年宋真宗赵恒为了提倡读书而写下了 “ 书中自有黄金屋 ” ， “ 书中自有颜如玉 ” 的名诗，这是 “ 知识就是力量 ” 的比较直白的说法。但我这里 “ 书里淘金 ” 的书是指写在我们人的每个细胞核里的由 4 个字母（ ACGT ）所组成的 30 亿字母长的 DNA 天书：我们每个人自己的基因组。如果能 ...; 个人分类: 科技推广|10337 次阅读|4 个评论热度 4

蛋白质结构预测的重大突破: 热度 9 周耀旗 2018-12-4 07:50; 蛋白质是生物细胞内的分子机器，要想知道蛋白质是怎样工作的，就必须知道机器的结构。如果这个蛋白在某个疾病中起关键作用的话，有了它的结构，就可以设计药物分子来抑制它的功能，这就是为什么用实验方法来解出蛋白质结构出了无限多的 Nature，Science，Cell及众多个 ...; 个人分类: 科技推广|13476 次阅读|18 个评论热度 9

发现新型抗菌肽的长征: 热度 7 周耀旗 2018-9-28 09:22; 从2011年底在美国印地安纳大学开始的设想，经过八个研究组17个人近七年的共同努力，终于在我到了澳大利亚五年后变成了杂志上白纸黑字。虽然这是一篇关于发现新型抗菌肽的论文，但对于其他易于产生抗药性的疾病（例如癌症和病毒性感染）也有相当的指导意义，希望我们的文章能够在抗药性疾病药物的快速、有效研发带来积极的 ...; 个人分类: 科技推广|9143 次阅读|10 个评论热度 7

记件评估正在坑害这一代科研人才: 热度 51 周耀旗 2017-11-12 08:15; 记件工资是早期资本主义时代比较流行的一种方式，它表面上挺合理，按劳分配。但由于资本家以此来尽量减少成本，而工人为了生存，不得不在很低的工资条件下工作很长时间，导致了臭名昭著的血汗工厂。但追求数量的后果往往是质量的不稳定，因为即使是熟练工人他也可以通过偷工减料来谋取最大 ...; 个人分类: 政策评论|26740 次阅读|61 个评论热度 51

申请美国博士研究生的自我陈述（Personal Statement）该怎么写？: 热度 2 周耀旗 2017-11-4 19:56; 申请美国大学的博士研究生除了考试成绩、简历之外，常常还要写一篇长短要求不一的《自我陈述》（ Personal Statement ）或者《目的陈述》（ Statement of purpose ）。我在美国大学做老师的时候，曾经多次参与招生委员会的工作，趁这次亲戚家的孩子让我帮她看看她的《自我陈 ...; 个人分类: 学生培养|24466 次阅读|4 个评论热度 2

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