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【值得收藏】植物功能基因研究必备数据库
张沫涵 2018-11-28 11:11
编者按 :当我们拿到一个或者多个候选基因,在我们开始基因编辑等实验验证前,我们需要先了解下这个基因的哪些信息呢?基因的结构信息?注释信息?是哪个基因家族?参与哪些pathway?前人有哪些研究进展?如果我们想查找这些信息,就需要了解常用的植物功能基因研究数据库。 我的Nr ...
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植物激素研究思路
张沫涵 2018-11-28 11:05
发表在Plant Journal 上的“Analysis of plant hormone profiles in response to moderate dehydration stress”文章为我们研究植物激素的合成开拓了思路(Urano K., 2017, Plant Journal)。植物响应脱水胁迫是由参与激素信号传导和代谢的高度复杂的分子系统介导的,特别是胁迫响应主要激素脱落酸 ...
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科研思路串烧:如何了解一个基因?
张沫涵 2018-11-28 11:00
编者按 :当我们拿到一个或者多个候选基因,在开始利用生化、细胞学、遗传学等实验手段研究基因功能之前,我们需要先了解下这个基因的基本信息,如基因结构和功能注释信息,蛋白结构域和二级三级结构信息、特殊结构域(如跨膜域和信号肽)、同源基因和基因家族情况、亚细胞定位、启动子顺式调控元件情况、基 ...
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如何画出好看的基因蛋白二级结构域?
张沫涵 2018-11-28 10:55
蛋白质二级结构是指蛋白质的多肽链中有规则重复的构象,限于主链原子的局部空间排列,不包括与肽链其他区段的相互关系及侧链构象。二级结构是通过骨架上的羰基和酰胺基团之间形成的氢键维持的,氢键是稳定二级结构的主要作用力。 主要的二级结构有 α-螺旋、β-折叠 和 β-转角 ...
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这可能是“最好”的WGCNA教程
张沫涵 2018-8-31 16:44
纵观近十年发表的转录组相关文献,文章的数目增长速度非常之快,但是低水平的文章比例增大,大家最直观的感觉就是:转录组文章越来越不好发表了。这其实也体现了目前发表文章对转录组数据分析挖掘的要求增高了。为了发表较高水平的文章,大家从实验设计的各个角度进行探索和创新。 ...
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