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【值得收藏】植物功能基因研究必备数据库

已有 6975 次阅读 2018-11-28 11:11 |系统分类:科研笔记| 植物, 生物信息, 数据库

编者按  :当我们拿到一个或者多个候选基因,在我们开始基因编辑等实验验证前,我们需要先了解下这个基因的哪些信息呢?基因的结构信息?注释信息?是哪个基因家族?参与哪些pathway?前人有哪些研究进展?如果我们想查找这些信息,就需要了解常用的植物功能基因研究数据库。


我的Nr注释里面有很多的“Hypothetical protein”?        


NCBI的NR数据库是收集信息最全的数据库,也是我们最常用的注释数据库。然而,NR数据库的注释结果中往往有很多“Hypothetical protein”,是因为NR输出的是序列最相似序列的注释,最相似的序列往往是近缘物种,而非模式物种(注释信息不全),这样就造成了这些数据不准确。我们更多的时候可以参考Swissport数据库的注释。


这样的pathway从哪个数据库中查询?        


上图是ABA的合成通路,我们可以通过KEGG数据进行查询(https://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?map01070)。需要注意的是,不同物种中的pathway可能是不同的,尽量查找本物种或近缘物种的通路图,可以点击Organism menu选择 。


基因的结构信息如何获取?基因结构示意图如何绘制?        

     研究中,我们经常比较同一个基因家族成员的基因结构。我们最常用的工具是GSDS 2.0(gsds.cbi.pku.edu.cn),我们遇到的麻烦是GSDS需要gff3或者gtf格式的注释文件,这时可直接进入ensemble数据库下载,本课程会详细讲解下载方法及相关文件的格式解读!


如何快速地进行转录因子的分类?        


转录因子是一类能与基因5`端上游特定序列专一性结合,从而能调控目的基因以特定的强度在特定的时间与空间表达的蛋白质分子,在各种基因表达调控网络和信号转导通路中都处于重要调控位置。本课程详细讲解植物转录因子数据库,该数据库收录了各物种已知的转录因子,及如何对无参物种进行转录因子分类。



测序数据如何上传NCBI-SRA?


       


快速掌握如何在Windows、Mac平台上快速的上传或下载测序原始数据。

      视频教程https://ke.qq.com/course/348386?tuin=160a3d80


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