Magic-BLAST is a tool for mapping large next-generation RNA or DNA sequencing runs against a whole genome or transcriptome.

前面一段 时间看到NCBI上blast出了一个新系列，短序列的mapping。基本与blast使用体验一致。Magic-BLAST 也适用于长片段mapping，比如EST。最好调整默认的参数。
科学网博客排版不是很好，详细参见 二代测序短序列mapping新选择：Magic-BLAST

1、下载

官网下载（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST）

我下载的是编译之后的，下载之后将magicblast和makeblastdb拷贝至系统全局变量路径即可。

2、使用

对经常使用blast的人来说使用非常简单。甚至不用将reference序列建库，直接使用fasta格式的序列文件即可。比如：

magicblast -query SRR1228245_1.fastq.gz -query_mate SRR1228245_2.fastq.gz -infmt fastq -subject ref.fa  -outfmt sam -out SRR1228245_blast.sam -num_threads 10 -splice T

其实，如果前面使用过makeblastdb将参考基因组建库，magicblast可以直接使用。比如

magicblast -query SRR1228245_1.fastq.gz -query_mate SRR1228245_2.fastq.gz -infmt fastq -db /data2/Fshare/IWGSC_v1.0_Formatdb/CS_v1.0_full -outfmt sam -out SRR1228245_blast.sam -num_threads 10 -splice T #如果是DNA_seq ,需要将 -splice  设为 F

支持的输入格式 SRA, FASTA, FASTQ, or FASTC 等。在NCBI上下载的SRA序列这次可以直接使用了😝。当然支持压缩格式 .gz。

输出格式支持sam, tabular, asn。

更多的其他用法这里就不在啰嗦了，请参见下面的README已经help