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SimSpace：空间组学数据模拟计算框架: 张俊鹏 2025-8-18 08:05; SimSpace ：空间组学数据模拟计算框架空间组学技术正迅速发展，揭示了组织功能与细胞的空间组织密切相关。空间转录组学等空间组学技术使分子特征在其原生空间背景下的分析成为可能，为组织结构和细胞相互作用提供了前所未有的见解。理解这些空间模式对于许多生物学问题至关重要，包括组织发育、胚胎发生、神 ...; 个人分类: 科普|2781 次阅读|没有评论

SiCNet：构建细胞特异性因果网络以描绘动态生物过程: 张俊鹏 2025-8-17 18:36; SiCNet ：构建细胞特异性因果网络以描绘动态生物过程单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）技术通过提供单细胞水平的高分辨率、大规模转录组数据，彻底改变了分子生物学研究。借助这项技术，研究人员能够识别组织中的稀有或新型细胞类型，研究细胞分化，并利用计算方法揭示疾病背后的分子机制。许多生物学过 ...; 个人分类: 科普|2974 次阅读|没有评论

神经发育障碍风险基因的动态趋同: 张俊鹏 2025-8-17 18:34; 神经发育障碍风险基因的动态趋同自闭症谱系障碍（ ASD ）和相关发育迟缓（ DD ）是高度可遗传的。常见小效应变异的总体影响反映了大多数遗传风险，但在高达四分之一的病例中，可能具有破坏性的罕见遗传检测到风险基因中的体细胞突变和新的突变。风险基因之间存在显著重叠。那些影响自闭症谱系障碍的基因， ...; 个人分类: 科普|2922 次阅读|没有评论

GLIMES：探索和缓解单细胞数据差异表达分析局限性: 张俊鹏 2025-8-17 18:29; GLIMES ：探索和缓解单细胞数据差异表达分析局限性单细胞转录组学的差异表达（ DE ）分析为理解细胞对内部和外部刺激的细胞类型特异性反应提供了重要见解。虽然有许多方法可用于从单细胞转录组学中识别差异表达基因，但最近的研究对最先进方法的性能提出了重要关切，包括针对单细胞数据定制的方法和在 ...; 个人分类: 科普|3380 次阅读|没有评论

lncRNA 协同调控导致紧密的 lncRNA-靶标耦合: 张俊鹏 2025-8-17 18:26; lncRNA 协同调控导致紧密的 lncRNA- 靶标耦合数万种长非编码 RNA （ lncRNA ）在人体组织中表达，通常以细胞类型和疾病特异性方式表达，每个情境中都有数千种 lncRNA 共同表达。 lncRNA 调节关键细胞过程，包括 DNA 修复、癌细胞增殖、上皮间质转化、干细胞重编程和染色质修饰。它 ...; 个人分类: 科普|2090 次阅读|没有评论

GRNFormer：基于图 Transformer 的精确基因调控网络推理: 张俊鹏 2025-8-9 12:13; GRNFormer ：基于图 Transformer 的精确基因调控网络推理基因表达数据为不同细胞类型、组织和条件下的转录活性提供了关键洞察，反映了基因组在响应内源性和外源性信号时的动态调控。 RNA 测序，特别是单细胞分辨率的测序，通过实现对整个转录组的全面、高通量分析，彻底改变了转录组学。基因表达 ...; 个人分类: 科普|2513 次阅读|没有评论

治疗性T细胞靶点泛癌图谱: 张俊鹏 2025-8-8 09:18; 治疗性 T 细胞靶点泛癌图谱基于 T 细胞的免疫疗法革新了癌症治疗，对于之前治疗选择有限的病人而言，为一部分患者提供了治愈的希望。虽然 CAR-T 细胞疗法已显示出显著疗效，特别是在急性血液肿瘤等疾病中，它们在实体瘤中的有限成功既突出了挑战也展示了治疗机会。靶向由恶性和健康 B 细胞共 ...; 个人分类: 科普|1838 次阅读|没有评论

MIRit：复杂疾病miRNA调控网络识别集成框架: 张俊鹏 2025-8-6 12:10; MIRit ：复杂疾病 miRNA 调控网络识别集成框架微小 RNA （ miRNA ）是一类平均长度为 22 个核苷酸的小型非编码 RNA ，其主要作用是在转录后阶段负向调控基因表达。在生物合成后，它们通常通过与靶基因的 3' 非翻译区（ 3' UTR ）相互作用，促进 mRNA 降解和翻译抑制。在 ...; 个人分类: 科普|2083 次阅读|没有评论

scDown：单细胞数据下游分析流程: 张俊鹏 2025-8-4 08:28; scDown ：单细胞数据下游分析流程根据罕见病组织（ NORD ）数据库，超过 10,000 种罕见疾病影响着超过 3000 万美国人。由于这些疾病具有复杂且异质的细胞群体，因此往往缺乏有效的治疗方法。例如，肌萎缩侧索硬化症、间质性肺病和胶质母细胞瘤等罕见疾病涉及其细胞环境中各种细胞类型的复杂相互 ...; 个人分类: 科普|2403 次阅读|没有评论

scEVE：单细胞数据聚类集成算法: 张俊鹏 2025-8-2 10:19; scEVE ：单细胞数据聚类集成算法单细胞 RNA 测序（ scRNA-seq ）是一种用于测量生物样本中单个细胞的转录组（即全局基因表达）的技术。这项技术由 Tang 等人于 2009 年引入，用于捕获单个小鼠囊胚的转录组。自那时起，各种具有增强协议的自动化测序仪不断涌现，并且被社区常规用于在细胞分 ...; 个人分类: 科普|2060 次阅读|没有评论

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