导读：水平条形图上叠加渐变散点，整合了 四个关键维度：基因列表（Y轴）、转录组倍数变化（条形长度）、表观组peak倍数变化（点位置）及其统计显著性（点颜色）。该设计通过整合两种组学数据，精准共定位协同变化的基因，为解析调控逻辑提供直观证据。                                               

《Cancer Cell》文章FOXA1 Mutations Reveal Distinct Chromatin Profiles and Influence Therapeutic Response in Breast Cancer. Fig 7A的瀑布图（条形图+点图）展示了FOXA1 SY242CS-V5与FOXA1 WT-V5对比中具有最高mRNA表达量的前50个基因（来自RNA-seq）与染色质可及性变化最显著的ATAC-seq的整合分析结果。其中条形表示基因表达变化，气泡代表ATAC-seq峰，气泡大小与-log10（校正后p值）相关，颜色则表示峰的log2倍数变化。由于一个基因上可能会有多个peaks，因此，这里同一水平线的点会有多个。与传统四象限图(一个点代表一个基因或者peak)相比，本图可以更精细地展示“一个基因vs多个peak”的关联信息，从而更全面地揭示基因上游潜在的协同调控关系。

该可视化方案具有广泛的应用普适性。它不仅能有效整合转录组与表观基因组（如揭示mRNA表达与ATAC-seq染色质可及性的关联），还适用于转录组与表观转录组的联动分析（例如关联基因表达与MeRIP-seq m6A RNA甲基化修饰谱），乃至转录组与蛋白质组的整合。同时也适用于同一种组学不同分子的联合分析，例如lncRNA与临近mRNA联合分析，miRNA与靶基因联合分析，eccDNA与来源基因联合分析等。

1，打开作图URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_two_omics_combined_bar_dot_plot_282

图2.两组学联合分析bar+dot图绘图页面

2，示例数据

点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel打开。

图3. 示例数据

示例数据包括4列，每1，2列是一种组学（转录组）的基因和log2fc，第3，4列是另一种组学（ATAC-seq）基因上相应富集峰的log2fc和pvalue。这里一个基因可能对应多个peak，例如PHTF2基因对应了3个peak。

注意：第1，2列中相同基因的log2fc也必然一样。

3，输入检查

示例数据：点击输入框下面的“示例”按钮，将载入示例数据。

真实数据：数据放在excel中，调整好后，Ctrl+A选中数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V将数据粘贴到输入框中。

图4. 载入数据，输入检查

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过，请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤，直到检查通过（如下图所示），然后可以继续选择其他参数。

图5.输入检查

注：输入检查是新添加的功能，它会根据不同模块的输入要求，逐行逐列检查输入数据，并给出提示，以确保数据符合模块输入要求。

4，选择参数

图6.绘图参数

图片大小

图片宽度，高度

字体大小

X轴刻度/Y轴基因名字体大小

X轴说明字体大小

图例字体大小

图例标题字体大小

条形相关

条形的颜色，设置了up颜色和下调颜色。如果数据第二列全是正的，就仅使用up颜色；如果数据第二列全是负的，就仅使用down颜色。

条形边框颜色

条形边框线粗细

条形的透明度（0完全透明，1完全不透明）

条形的高度，该值越大，条形越粗

条形对应图例的说明

点相关

点的颜色：以低，中，高三种颜色进行渐变

点的大小对应的图例的说明

点的颜色对应的图例的说明，-log10自动转换，因此说明需要带-log10字样

字体：设置了期刊杂志中最常用的两种字体：Times New Roman和Arial

5，提交出图

检查通过，并且参数选好后，点击“提交”按钮，约2s后，会在页面上显示两组学联合bar+dot图。我们提供了pdf、svg两种矢量图，png、tiff两种标量图供大家下载使用。可以使用acrobat illustrator等软件编辑矢量图，进行组图，调整文字位置，字体，添加说明等操作，以满足个性化需求。

图7.预览图

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