mirtronDB 2.0：mirtron数据库 

mirtrons 是一类通过非经典途径编码的 pre-miRNA，该途径不依赖于 Drosha 酶。尽管存在 microRNA（miRNA）数据库，例如 miRBase和 MirGeneDB，但目前还没有专门用于 mirtrons 的资源。现有数据分散在各个出版物中，缺乏标准化和集中管理。为了解决这个问题，mirtronDB 的第一个版本引入了唯一一个经过同行评审且公开可访问的 mirtrons 数据库，提供经过整理的、物种特异性的数据以及标准化的注释。这突出了持续更新资源的重要性，从而推动了这一显著扩展版本的开发。 

最近， mirtronDB 2.0被推出（图1，http://mirtrondb.cp.utfpr.edu.br/），这是一个包含新内容并具有增强功能的更新资源。系统方法包括从近期文献中全面检索和整合 mirtron 数据，进行严格的整理过程，并基于相似性搜索和机器学习的计算机模拟流程，以提高跨物种覆盖范围和标准化注释。作者们还引入了新的网站功能，包括交互式仪表板，以改善 RNA 生物学社区的数据可用性和数据探索。为了在整合新收集的 mirtron 数据的同时保持数据库的一致性和标准化，作者们进行了结构化的整理工作，以审查和重新映射先前可用和最新鉴定 mirtron 的基因组坐标到最新的 Ensembl基因组汇编。为了补充文献整理的条目并探索发现新 mirtron 的潜力，作者们在六种哺乳动物中实施了计算机模拟预测策略，识别出 165 个潜在的新的同源 mirtron。

图1 mirtronDB 2.0 构建流程概述，包含三个主要阶段：(A) mirtron 数据检索，包括对 mirtronDB 1.0 条目的审核和更新，以及收集近期文献中报道的额外 mirtrons；(B) 使用相似性搜索和机器学习工具进行计算机预测 mirtrons，以改进跨物种覆盖范围和标准化注释；(C) 将从 (A) 检索到的 mirtrons 与参考 miRNA 数据库进行比较，以识别重叠和独特的条 

参考文献

[1] Fabiana Rodrigues de Goes, Matheus Fujimura Soares, Vitor Gregorio, Bruno Thiago de Lima Nichio, Alisson Gaspar Chiquitto, Flavia Lombardi Lopes, Mark Basham, Douglas Silva Domingues, Alexandre Rossi Paschoal, mirtronDB 2.0: enhanced database with novel mirtron discoveries, Bioinformatics, 2026;, btag114, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btag114 

以往推荐如下：

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库：CITEdb

5. ​EMT标记物数据库：EMTome

6. EMT基因数据库：dbEMT

7. ​EMT基因调控数据库：EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库：RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC

12. 免疫信号通路关联的调控子数据库：ImmReg

13. 利用药物转录组图谱探索中药药理活性成分平台：ITCM

14. AgeAnno：人类衰老单细胞注释知识库

15. 细菌必需非编码RNA资源：DBEncRNA

16. 细胞标志物数据库：singleCellBase

17. ​实验验证型人类miRNA-mRNA互作数据库综述

18. 肿瘤免疫治疗基因表达资源：TIGER

19. 基因组、药物基因组和免疫基因组水平基因集癌症分析平台：GSCA

20. 首个全面的耐药性信息景观：DRESIS

21. 生物信息资源平台：bio.tools

22. 研究资源识别门户：RRID

23. 包含细胞上下文信息的细胞互作数据库：CCIDB

24. HMDD 4.0：miRNA-疾病实验验证关系数据库

25. LncRNADisease v3.0：lncRNA-疾病关系数据库更新版

26. ncRNADrug：与耐药和药物靶向相关的实验验证和预测ncRNA

27. CellSTAR：单细胞转录基因组注释的综合资源

28. RMBase v3.0：RNA修饰的景观、机制和功能

29. CancerProteome：破译癌症中蛋白质组景观资源

30. CROST：空间转录组综合数据库

31. FORGEdb：候选功能变异和复杂疾病靶基因识别工具

32. Open-ST：3D高分辨率空间转录组学

33. ​CanCellVar：人类癌症单细胞变异图谱数据库

34. dbCRAF：人类癌症中放射治疗反应调控知识图谱

35. DDID：饮食-药物相互作用综合资源可视化和分析

36. SCancerRNA：肿瘤非编码RNA生物标志物的单细胞表达与相互作用资源

37. CancerSCEM 2.0：人类癌症单细胞表达谱数据资源

38. LncPepAtlas：探索lncRNA翻译潜力综合资源

39. SPATCH：高通量亚细胞空间转录组学平台

40. MirGeneDB 3.0：miRNA家族和序列数据库

41. RegNetwork 2025：人类和小鼠基因调控网络整合数据库

42. CircTarget：多种细胞类型circRNA调控综合数据库

43. GreenCells：植物lncRNA单细胞分析资源

44. RM2Target 2.0：RNA修饰的写入者、擦除者和读取者靶基因数据库

45. SDMap：空间药物扰动图谱数据库