复旦大学马红教授2015年发表论文：

10分左右有4篇，PNAS、Plant Cell、MBE、Gene&Dev

6分上下有6篇，1篇Plant Physiology，2篇New Phytol，3篇 Plant J

1: Niu B, Wang L, Zhang L, Ren D, Ren R,Copenhaver GP, Ma H, Wang Y. Arabidopsis Cell Division Cycle 20.1 Is Required forNormal Meiotic Spindle Assembly and Chromosome Segregation. Plant Cell. 2015Dec 15. pii: tpc.15.00834.  PubMed PMID: 26672070.

该研究首次揭示了细胞分裂周期蛋白CDC20.1通过参与纺锤体组装检验点（Spindle Assembly Checkpoint，SAC）依赖的途径而影响减数分裂过程中同源染色体的正确分离。

The Plant Cell 刊发马红教授团队最新研究成果

2: Huang CH, Sun R, Hu Y, Zeng L, Zhang N,Cai L, Zhang Q, Koch MA, Al-Shehbaz I, Edger PP, Pires JC, Tan DY, Zhong Y, Ma H.Resolution of Brassicaceae Phylogeny Using Nuclear Genes Uncovers NestedRadiations and Supports Convergent Morphological Evolution. Mol Biol Evol.2015 Oct 29. pii: msv226.  PubMed PMID: 26516094.

3: Zeng L, Yin Y, You C, Pan Q, Xu D, JinT, Zhang B, Ma H. Evolution and protein interactions of AP2 proteins inBrassicaceae: evidence linking development and environmental responses. J Integr PlantBiol. 2015 Oct 16. doi: 10.1111/jipb.12439. PubMed PMID: 26472270.

4: Huang J, Cheng Z, Wang C, Hong Y, Su H,Wang J, Copenhaver GP, Ma H, Wang Y. Formation of interference sensitive meioticcross overs requires sufficient DNA leading strand elongation. Proc Natl AcadSci U S A. 2015 Oct 6;112(40):12534-9. doi: 10.1073/pnas.1507165112. . PubMed PMID: 26392549;

该研究揭示了DNA合成在减数分裂重组中的重要作用。

进一步见 马红团队在减数分裂重组的DNA合成环节取得重要进展

5: Ye J, Zhang Z, Long H, Zhang Z, Hong Y,Zhang X, You C, Liang W, Ma H, Lu P. Proteomic and phosphoproteomic analysesreveal extensive phosphorylation of regulatory proteins in developing riceanthers. Plant J. 2015 Nov;84(3):527-44. doi: 10.1111/tpj.13019..PubMed PMID: 26360816.

6: Zhu E, You C, Wang S, Cui J, Niu B, WangY, Qi J, Ma H, Chang F. The DYT1-interacting proteins bHLH010, bHLH089and bHLH091 are redundantly required for Arabidopsis anther development andtranscriptome. Plant J. 2015 Sep;83(6):976-90. doi: 10.1111/tpj.12942. PubMed PMID:26216374.

7: Qian S, Wang Y, Ma H, Zhang L. Expansionand Functional Divergence of Jumonji  C-Containing Histone Demethylases:Significance of Duplications in Ancestral Angiosperms and Vertebrates. Plant Physiol.2015 Aug;168(4):1321-37. doi: 10.1104/pp.15.00520.PubMed PMID: 26059336;

基因家族由一类同源基因组成，其进化历史反映着这类基因的起源与功能的保守和分化。JmjC是去甲基化酶，负责组蛋白去甲基化，是重要的表观遗传因子。本研究通过系统发育学和生物信息学手段，全面分析了动物和植物中的JmjC基因进化历史，序列分化和表达等。

 在线虫和果蝇中分别有6和10个JmjC基因，而在人，小鼠和斑马鱼中各自有28，27和24个成员。脊椎动物比无脊椎动物增加，主要是由于脊椎动物早期2次基因组加倍(2R)事件发生导致的，多个分支上，脊椎动物有3~4个成员。有意思Y染色体上有两个JmjC基因（KDM5D and KDM6C/UTY），相当于Y染色体形成增加了两个JmjC基因。在Y染色体进化过程中，大部分基因丢失了，而KDM5D和KDM6C一直保留着，表明它们可能具有特别的功能，这两个基因值得进一步研究。

植物与动物基因组相比，植物基因组发生基因组加倍事件较多，特别是植物近期基因组加倍事件频繁发生，比如十字花科祖先发生过两次基因组加倍事件。基因往往在近期基因组加倍事件发生后保留下来。通过进化树分析发现，JmjC在被子植物早期保留较多，反而近期的核心真双子叶和十字花科多倍化事件发生后，其大部分丢失了，推断JmjC对被子植物早期进化比较重要。

8: Zhang B, Wang L, Zeng L, Zhang C, Ma H.Arabidopsis TOE proteins convey a photoperiodic signal to antagonize CONSTANSand regulate flowering time. Genes Dev. 2015 May 1;29(9):975-87. doi:10.1101/gad.251520.114. PubMed PMID: 25934507;

该研究发现了防止植物过早开花（premature flowering）的一种新的分子机制，揭示了植物为了最大程度地繁衍后代，会感受其所处的环境条件，怎样选择一个最佳时机开花。

进一步见： 马红教授课题组在Genes &Development刊发最新研究成果 http://life.fudan.edu.cn/Data/View/2124  

9: Wang Y, Ma H. Step-wise andlineage-specific diversification of plant RNA polymerase genes and origin of the largestplant-specific subunits. New Phytol. 2015 Sep;207(4):1198-212. doi:10.1111/nph.13432.  PubMed PMID: 25921392.

10: Zhang L, Wang L, Yang Y, Cui J, ChangF, Wang Y, Ma H. Analysis of Arabidopsis floral transcriptome: detectionof new florally expressed genes and expansion of Brassicaceae-specific genefamilies. Front Plant Sci. 2015 Jan 20;5:802. doi: 10.3389/fpls.2014.00802.eCollection 2014. PubMed PMID: 25653662;

本文利用花的RNA-seq数据，比较全面的分析参与花发育过程的表达基因，并且与之前的芯片数据进行了比较。 发现在花发育每个阶段中，大概有2万个基因参与。花发育的早中晚期有很多转录因子参与，大量的转录因子在早期高表达。在花发育的晚期有不少特异基因家族表达，这些基因大都也是十字花科特异的。

11: Li Q, Zhang N, Zhang L, Ma H.Differential evolution of members of the rhomboid gene family with conservative anddivergent patterns. New Phytol. 2015 Apr;206(1):368-80. doi: 10.1111/nph.13174.PubMed PMID:25417867.

rhomboid基因一般编码具有7个跨膜的膜内蛋白水解酶，其有三大类，分别是丝氨酸蛋白酶Rhomboid, 金属蛋白酶S2P以及天冬氨酸蛋白酶Presenilin和SPP。膜内蛋白酶在细胞膜内对信号蛋白进行切割，参与多种生理过程，如老年痴呆症中的γ-secretase复合物中之一的亚基是天冬氨酸蛋白酶，Rhomboid蛋白家族成员Rhbdd3能调节自身免疫病发生发展。

      本研究利用生物信息手段，从进化角度阐述了rhomboid基因家族的分子特征和进化历史。发现动植物的rhomboid 基因家族可以分成两大类，其中一类在动植物都保守，具有一个拷贝。另外一类不保守，在动植物中随着基因组重复而扩张，在动物中最多有3个拷贝，植物中更多，显示基因家族一种独特的进化模式。一般认为Rhomboid蛋白关键活性位点突变掉就会失去活性功能，其非常保守。我们在植物中发现一类Rhomboid蛋白的活性位点发生突变，其在拟南芥减数分裂细胞中高表达，而在影响花粉发育的突变体中低表达，可能在减数分类种具有功能，显示这类基因进化出新功能。本工作展示了编码内膜蛋白的基因家族的一种进化模式，同时展示一个基因家族内不同亚家族具有不同进化方式，一部分保守一部分分化。

12: Yang H, Chang F, You C, Cui J, Zhu G,Wang L, Zheng Y, Qi J, Ma H. Whole-genome DNA methylation patterns andcomplex associations with gene structure and expression during flowerdevelopment in Arabidopsis. Plant J. 2015  Jan;81(2):268-81. doi: 10.1111/tpj.12726. PubMed PMID:25404462.

PS上面有我的3篇，一篇Plant physiolog （通讯）， New phyto （通讯）和  Front Plant Sci （第一）

另外，之前从马老师实验室毕业的王海峰博士以第一作者发表PNAS：

1: Wang H, Beyene G, Zhai J, Feng S, Fahlgren N, Taylor NJ, Bart R, Carrington JC, Jacobsen SE, Ausin I. CG gene body DNA methylation changes and evolution of duplicated genes in cassava. Proc Natl Acad Sci U S A. 2015 Nov 3;112(44):13729 34. doi: 10.1073/pnas.1519067112. PubMed PMID:  26483493;