在R中使用中位数进行了微生物数据的稀释，稀释后做alpha多样性图，比如横坐标为分组，纵坐标为richness值，箱型图。但是箱型图有极端值，如下图第三个柱子所示

之前也尝试了不同的异常值处理，比如IQR（箱线法）和MAD（绝对中位差）处理，还了解到可以进行z-score但是因为z-score是针对于正态数据的，微生物样本是非正态数据，所以目前只使用了IQR和MAD。

使用MAD结果会更好一些，因为MAD可以设置更严格或者更保守的去除异常值策略，而且因为我的样本量很大，所以异常值是直接剔除的，异常值不超过样本量的50%并且剔除异常值后每组样本也保证数量≥3。

现在疑惑的问题是，我这么处理是合理的操作码，因为我看文献和网站都暂时没看到微生物数据剔除异常值的问题，还有我的数据经MAD处理之后，有接近显著性的alpha多样性指数变成了显著性，这种结果是可以接受的，稳定的吗？还是说需要斟酌的。

希望有好心人帮我解答这个问题，感激不尽！

转载本文请联系原作者获取授权，同时请注明本文来自罗昕笛科学网博客。

链接地址：https://wap.sciencenet.cn/blog-3640821-1493602.html?mobile=1

收藏

分享