开发低成本、高性能的猪SNP芯片对我国猪分子育种和遗传分析具有重要意义。近期，中国农业大学丁向东教授团队完成的题为“The development of a porcine 50K SNP panel using genotyping by target sequencing and its application”的研究论文在Journal of Integrative Agriculture (JIA) 2025年5期正式发表。
靶向捕获测序（GBTS）基因分型技术同时具备固相芯片技术（高稳定性和可靠性）和测序技术（高灵活性和低成本）的优点。然而， GBTS技术尚未应用于猪SNP芯片上。该研究基于GBTS技术在猪上开发了首款猪50K液相芯片——GBTS50K，包含52000个SNP位点。我们选取来自10个种猪场的6032头大白、长白和杜洛克猪对GBTS50K的性能进行评估。
结果表明，GBTS50K获得了较好的基因分型性能，其SNP检出率和个体检出率为0.997~0.998，重复样本的基因分型一致性和相关系数分别为0.997和0.993。GBTS50K在遗传分析和分子育种上表现优异。例如，对于达100公斤体重日龄和100公斤活体背膘厚两个重要经济性状，使用GBTS50K的基因组选择准确性高于目前使用广泛的GGP-Porcine固相芯片。并且，由于GBTS技术能够检测到多聚SNP位点，GBTS50K在不增加基因分型成本的情况下能够获得更多高质量SNP位点（~100K）。利用这些SNP位点进行单倍型基因组选择，生长和繁殖性状基因组选择的准确性可以进一步提高2-6%。
该研究表明，GBTS50K可以成为猪遗传分析和分子育种的有力工具，同时，也能够给其它畜禽液相芯片开发提供借鉴。
中国农业大学动物科学技术学院丁向东教授为该文章的通讯作者，硕士研究生张梓鹏为第一作者。该研究得到了山东省重点研发（2022LZGC003）、国家现代农业产业技术体系（CARS-35）和国家重点研发计划（2019YFE0106800）的资助。
论文链接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2095311923002563
Cite the article: Zipeng Zhang, Siyuan Xing, Ao Qiu, Ning Zhang, Wenwen Wang, Changsong Qian, Jia’nan Zhang, Chuduan Wang, Qin Zhang, Xiangdong Ding. 2025. The development of a porcine 50K SNP panel using genotyping by target sequencing and its application. Journal of Integrative Agriculture, 24(5): 1930-1943.
Journal of Integrative Agriculture (《农业科学学报》(英文), JIA) 由中华人民共和国农业农村部主管，中国农业科学院与中国农学会主办，中国农业科学院农业信息研究所承办。综合性英文学术期刊，月刊。创刊于2002年，现任主编为中国科学院院士陈化兰。JIA主要栏目有作物科学、园艺、植物保护、动物科学、动物医学、农业生态环境、食品科学、农业经济与管理等。刊稿类型有综述、研究论文、简报以及评述等。全部论文在Elsevier-ScienceDirect (SD) 平台OA出版。最新SCI影响因子4.6，位于SCI-JCR农业综合学科Q1区。中国科学院分区农林科学1区。2016年以来先后获得中国科协等部委 “提升计划”“登峰计划”“卓越计划”项目支持。
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