吕向阳
基于Python的生态学、地学领域高质量科研可视化制图
2025-10-15 14:29
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随着生态学与地学领域研究的不断深入,科研成果的可视化呈现已成为学术表达、成果转化的核心环节——当前领域内不仅对图像的科学性、规范性要求显著提升,更需要通过高质量制图传递复杂数据逻辑。

第1:导论与SCI图像标准环境搭建

1.1 SCI图像规范分辨率与DPI(300 vs 600 vs 1200)RGB / CMYK色彩模式转换矢量图(PDF、SVG) vs 位图(TIFF、PNG)常见错误示例:字体不一致、图例遮挡、JPEG压缩

1.2 Python科研绘图生态

Matplotlib(底层/可控)、Seaborn(统计范式)、Plotly(交互)、Cartopy(制图)、PyVista(3D)、SHAP(可解释)

图像后处理:Inkscape、Illustrator

质量标准:同一项目统一配色/字体/网格/标注风格。

常见错:同图混用多库默认样式、位图编辑代替矢量编辑。

1.3 环境搭建

conda 环境锁定(env.yml)、pip-tools;Jupyter+VS Code 工作流。

2:Matplotlib高质量图核心

2.1 样式管理与rcParams

统一字体(英:Arial/Times;中:思源/苹方)、字号层级、线型与色板。

科研配色、色盲友好色板

2.2 单图 & 多子图布局

折线图、散点图、误差带

子图对齐、Panel A/B/C 自动标。

GridSpec 控制比例;共享坐标轴;单位与小数位标准化。

2.3 输出高分辨率图像

矢量优先;位图仅限栅格底图;透明背景PNG;TIFF 无压缩。

保存两份(审稿版RGB、发版版 CMYK);嵌入/转曲字体。

3:Seaborn与高级统计可视化

3.1 基础统计图

箱线+雨点/violin 组合;显著性标记;样本量 n 标注。

误差呈现一致(SD/SE/CI);对数坐标时说明变换。

3.2 分布与相关性

热图(相关系数+FDR)、jointplot(边缘分布)、置信椭圆。

相关矩阵排序与聚类;显著性以符号或遮罩表达。

多区域分组相关热力气泡图

3.3 分布对比与趋势

山脊图展示密度;分组柱状+热力组合呈现强度与结构。

4:空间数据与生态制图

4.1 空间数据处理

GeoTIFF + Shapefile 叠加

栅格vs 矢量

坐标与分辨率对齐。

先重投影后裁剪;属性表最小化;图层顺序与透明度控制。

4.2 Cartopy美化

指北针+ 比例尺

分区标注

4.3 高级空间图

遥感分类结果图(LULC)

Y轴气候水文图

三维三角网格曲面图+ 二维等高线

5 高级相关性案例分析与可视化

5.1 相关性分析与图谱

案例分析

方块面积相关性热图关联气泡图层次聚类相关热图

5.2 统计显著性校正

FDR多重检验校正可视化

5.3 多维相关性图

主成分分析的应用案例

散点矩阵、分组矩阵、PCA/NMDS 结果图。

6:机器学习案例分析与SHAP可视化

6.1生态案例应用与分析

随机森林算法

特征选择与参数优化

条形特征重要性排序图

6.2 SHAP可视化

南丁格尔玫瑰图展示模型权

头部特征SHAP散点图

SHAP依赖图(单特征)

双特征交互效应SHAP图

特征重要性总览+ 依赖组合图

6.3 集成分析图

流程图(数据→特征→模型→评估)

模型对比表

7多源融合与多面板整合

7.1 综合布局设计

流程图+ 空间图 + 统计图组合

多面板分栏排版

7.2 Pillow图像拼接

Python合成 + 矢量输出

8:批量化与自动化工作流

8.1 自动批量导

批量命名、格式转换

RGB→CMYK自动转换

8.2 版本管理与可复现

Git管理科研绘图代码

结果可追溯化

原文:基于Python的生态学、地学领域高质量科研可视化制图

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