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aBIOTECH | 郭惠珊团队揭示DCL3蛋白参与RNAi信号系统传递的新功能

已有 312 次阅读 2023-12-25 10:07 |个人分类:论文|系统分类:论文交流

aBIOTECH | 郭惠珊团队揭示DCL3蛋白参与RNAi信号系统传递的新功能

 Jianhua Zhao aBIOTECH 2023-12-19 15:41 发表于北京

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由双链RNA(double-strand RNA,dsRNA)诱导的RNA沉默(RNA interference or RNA silencing,RNAi)是真核生物基因表达调控的保守机制。在植物中,dsRNA被Dicer-like(DCL)蛋白加工成20-24 nt小RNA(small RNA,sRNA),sRNA与Argonaute(AGO)蛋白结合形成RNA沉默复合物(RNA-induced silencing complex,RISC)并通过碱基互补配对识别靶标基因,在转录或转录后水平调控基因表达。研究发现,sRNA不仅能够在其生成的细胞中发挥作用,还能够通过长距离运输诱发非细胞自主的系统性RNAi。此外,植物还能够将自身保守的miRNA传递到病原真菌细胞,降解真菌致病基因进而抑制其致病性。RNAi信号在体内及物种间传递的分子机制是当前研究热点,而鉴定参与植物体内RNAi信号系统传递的关键蛋白,有助于阐明sRNA在不同物种间传递的分子机制。

近日,中国科学院微生物研究所郭惠珊团队在aBIOTECH杂志发表了题为“The RNA-binding domain of DCL3 is required for long-distance RNAi signaling”的研究论文。


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作者利用早期构建的一个可诱导的RNAi系统,对植物内源基因非自主性RNAi进行深入研究。在该系统中,可诱导的外源沉默序列(exo-Pdsi)能够引起植物内源基因PDS沉默,导致被诱导的叶片发生白化;RNAi信号通过长距离传递引起系统叶叶脉白化(图1),该系统能够直观的指示RNAi信号的系统性传递。


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图1  pX7-Pdsi诱导表达系统


研究发现,PDSi与DCL3突变体植物杂交后代dcl3/PDSi)经过诱导剂处理,被诱导叶片能够产生白化表型,而系统叶片不发生白化(图2)。结果说明,DCL3参与了RNAi信号系统传递。

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图1 pX7-Pdsi诱导表达系统


一般认为,DCL3定位在细胞核中,负责加工产生24-nt sRNA,参与转录水平基因沉默。蛋白功能结构域分析发现,DCL3蛋白除了加工sRNA所需的两个RNase III结构域,还包含一个RNA结合结构域(RNA binding domain,RBD)。因此,作者进一步对RNase III和RBD结构域是否参与了RNAi信号系统传递进行研究。


烟草瞬时表达实验发现,RNase III和RBD结构域突变后并不影响DCL3蛋白的核定位。

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图3 DCL3、DCL3mRIII和DCL3ΔRBD亚细胞定位

将DCL3、DCL3mRIII和DCL3ΔRBD蛋白回补到dcl3/PDSi植物,表型观察发现:dcl3/PDSi/DCL3dcl3/PDSi/DCL3mRIII植物均能恢复PDSi植物诱导后系统叶白化的表型,而dcl3/PDSi/DCL3ΔRBD植物表现出与dcl3/PDSi植物相同的表型。sRNA杂交结果显示:在被诱导的叶片中,RNase III结构域突变降低了来源于Pdsi的24-nt siPds以及植物内源24-nt sRNA(siR1003和AtRep2)的积累,而来源于Pdsi的21-nt siPds和内源 miR159的积累量并未受到影响;在PDSi、dcl3/PDSi/DCL3dcl3/PDSi/DCL3mRIII 植物系统叶中,均检测到大量21-nt siPds,而在dcl3/PDSidcl3/PDSi/DCL3ΔRBD植物中未检测到siPds(图4)。以上结果说明,DCL3蛋白参与RNAi信号系统传递不依赖于sRNA加工活性,而其RBD结构域是必需的。

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图4 回补植物诱导表型观察及sRNA检测

MST实验证实,包含有RBD结构域的DCL3蛋白C端能够结合不同长度的sRNA。此外,研究还发现DCL3的RBD结构域在抗病毒RNAi信号系统传递中也发挥重要作用。

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图5 MST检测DCL3蛋白片段RNA结合活性

综上所述,该研究揭示了DCL3蛋白参与RNAi信号系统传递的新功能,并证实DCL3蛋白RNA结合活性是RNAi信号系统传递所必需的。


该研究得到了国家自然科学基金委重点项目(32020103003)和新疆生产建设兵团科技计划项目(2022DB014)的资助。中国科学院微生物研究所郭惠珊课题组博士后李洁为该文章第一作者,郭惠珊课题组赵建华研究员为该论文通讯作者。



作者简介



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赵建华,中国科学院微生物研究所研究员,硕士研究生导师。2015年博士毕业于中国科学院微生物研究所。主要从事植物与病原互作研究,围绕非编码RNA解析植物与病毒、植物与致病真菌互作的分子机制,为作物病害防控提供理论基础。近五年在Nature Plants、Nature Communications、Molecular Plant、JIPB、Plant Communications等主流国际期刊发表多篇论文。



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