Prokka是一个适用于原核生物的基因组自动注释工具，由墨尔本大学生物信息学家 Torsten Seemann 开发。Prokka协调了一套现有的软件工具，可以对原核基因组和宏基因组进行快速高效的功能注释。
一、如何使用Prokka？
Prokka的使用要求：
1、准备基因组序列文件（FASTA格式）；
2、安装 Prokka 及其依赖工具（如 BLAST+、HMMER）。
Prokka的运行命令：
prokka --outdir my_output --genus Escherichia --species coli genome.fasta
Prokka的输出结果：
Prokka 会在指定输出目录中生成多种格式的注释文件，包括 GFF、GenBank 和蛋白序列文件，方便后续分析或可视化。
本地安装和使用的具体操作方法可以参见发布的另一篇文章《Prokka安装和使用教程——快速原核基因组注释》
不过，需要注意的是，Prokka的运行环境依赖于Linux系统，这对于许多没有相关操作经验的用户来说，设置和使用门槛较高，常常成为科研工作中的一道“技术壁垒”。
二、零基础做生信
为了解决这一难题，我们推出了密码子·生信云平台 “Prokka原核基因组注释” 免费小工具！
零门槛体验：无需本地安装Linux环境，无需复杂配置，打开网页即可一键上传数据，轻松运行Prokka进行基因组注释分析。
高效安全：云端计算资源强大，数据处理速度快，保障数据安全与隐私。
友好界面：操作界面简洁直观，适合各类用户，无需编程基础。
专业支持：提供详细的操作指南和技术支持，助力您的科研工作顺利进行。
小工具链接：
https://cloud.mimazi.net/tool/article-117.html
输入文件：
基因组预组装结果/核酸序列文件
小工具结果：
*.faa：预测的所有编码序列（CDS）的蛋白质翻译产物序列文件（FASTA format of amino acids）
*.ffn： 预测的所有编码基因（CDS）的核苷酸序列文件（FASTA format of nucleotides）
*.fna：输入的基因组序列文件（FASTA format）
*.fsa：包含源序列的FASTA文件
*.gbk：GenBank 格式的文件。包含完整的注释信息以及原始基因组序列本身
*.gff：采用 GFF3 (General Feature Format version 3) 格式，包含基因组上所有预测的基因、RNA 特征（tRNA, rRNA, ncRNA等）、CDS（编码序列）以及它们的位置、功能注释（如基因名称、产物描述）、EC号（如果可预测）、注释来源等信息
*.sqn：提交到 GenBank 所需的 ASN.1 格式文件
*.tbl：Sequin 表格格式文件
*.tsv：表格格式（Tab-Separated Values）的注释摘要。包含特征（Feature）ID、类型、位置、长度、基因名称、基因座标签、产物描述、EC号等字段
*.txt：摘要统计文件，包含一些基本的统计信息
密码子生信云还提供云流程和其它各色小工具分析服务：
为细菌基因组研究量身定制的智能云流程从基因组测序原始数据（fastq）或组装序列（fasta）出发，一键化完成细菌基因组全套分析流程，包括基因预测、多功能注释和多数据库分析。多种多样的实用小工具，可以为您精准解决碎片化需求，包括序列处理、统计绘图、基因组注释等等，助力您轻松完成数据分析。
参考文献
Seemann T. Prokka: rapid prokaryotic genome annotation. Bioinformatics. 2014 Jul 15;30(14):2068-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btu153 . Epub 2014 Mar 18. PMID: 24642063
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