SAMtools序列可视化操作
1）准备 BAM 文件
# 使用参考序列构建索引，index为索引前缀
bowtie2-build reference.fa index
# 使用bowtie2进行比对
bowtie2 -x index -1 reads_1.fq -2 reads_2.fq -p 32 -S example_pair.sam
# 使用samtools将sam文件转换为bam文件
samtools sort example_pair.sam > example_pair.bam
2）使用 SAMtools 对 BAM 文件进行排序和索引（这是可视化展示的前提）
# 排序 BAM 文件
samtools sort example_pair.bam -oexample_pair.sorted.bam
# 创建 BAM 索引
samtools index example_pair.sorted.bam
3）可视化
# 使用 Samtools tview查看 BAM 文件的比对情况
samtools tview example_pair.sorted.bam reference.fa
# 运行后会进入santools tview的交互界面：
# 按下 “shift+?” 即可显示帮助菜单栏，如下图所示：
① 按下 g ，则提示输入要到达基因组的某一个位点
② 使用H(左）J（上）K（下）L（右）移动显示界面。
③ Ctrl+H 向左移动1kb碱基； Ctrl+L 向右移动1kb碱基
④ 可以用颜色标注比对质量，碱基质量，核苷酸等。
30～40的碱基质量或比对质量使用白色表示；
20～30黄色；
10～20绿色；
0～10蓝色。
⑤ 使用点号’.'切换显示碱基和点号；
⑥ 使用r切换显示read name
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