1. Bowtie2软件的适用范围和应用场景
Bowtie2 是将测序后的 reads 与长参考组的比对工具 (适用于将长度大约为50~1000bp的reads与相对较长的基因组, 如哺乳动物,进行比对)。
Bowtie2使用FM索引（基于Burrows-Wheeler Transform 或 BWT）对基因组进行索引，以此来保持其占用较小内存。对于人类基因组来说，内存占用在3.2G左右。Bowtie2 支持间隔，局部和双端对齐模式。可以同时使用多个处理器来极大的提升比对速度。
通常是比较基因组学(包括 variation calling，ChIP-seq，RNA-seq，BS-seq)管道的第一步。可以处理非常长的 Reads（即10~100kb），但它针对近期测序仪产生的 Reads 长度和误差模式进行了优化，如Illumina HiSeq 2000，Roche 454和Ion Torrent仪器。
2. Bowtie2软件的下载与安装
方法一：使用源码安装
# 下载安装包
wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.5.4/bowtie2-2.5.4-sra-linux-x86_64.zip/download
# 解压安装包
unzip bowtie2-2.5.4-sra-linux-x86_64.zip
# 跳转到解压后目录，并获取其路径
cd bowtie2-2.5.4-sra-linux-x86_64 && pwd
# 将前一步获取的路径追加到 ~/.bashrc 文件的末尾
echo PATH=$PATH:/path/to/software/bowtie/bowtie2-2.5.4-sra-linux-x86_64 >> ~/.bashrc
# 重新加载 ~/.bashrc 文件
source ~/.bashrc
# 验证文件是否正确添加（若输出的是 bowtie2 的路径，则表示设置成功）
which bowtie2
方法二：使用conda安装
conda install bowtie2 -y
3. Bowtie2软件的参数解读和使用建议
3.1 参数解读
# 查看帮助信息
bowtie2 -h
3.2 bowtie2使用方法
# 查看参考序列（此处以bowtie2自带示例数据为例）
head lambda_virus.fa
# 使用参考序列构建索引，index为索引前缀
bowtie2-build lambda_virus.fa index
# 目标序列与参考数据库进行比对
# 对双端序列比对
bowtie2 -x index -1 reads_1.fq -2 reads_2.fq -p 32 -S example_pair.sam
# 对单端序列比对
bowtie2 -x index -U reads_1.fq -p 32 -S example_single.sam
# 使用samtools将sam文件转换为bam文件以供后续分析使用
# 需提前安装和配置samtools
samtools sort example_pair.sam > example_pair.bam
samtools sort example_single.sam > example_single.bam
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