Kleborate是一款用于分析肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae）基因组数据的生物信息学工具，主要用于检测其毒力因子、耐药基因、ST型和血清型。该工具由澳大利亚学者开发，旨在快速评估肺炎克雷伯菌的临床和流行病学特征，尤其关注高毒力（hvKP）和高耐药（如碳青霉烯酶产生）菌株。
下载地址：https://github.com/klebgenomics/Kleborate
请注意，无论是基因还是分型结果，当存在以下特殊符号时，即代表Kleborate未检测到（-）或不存在100%匹配（除.v1 .v2以外），因此软件给出的是最接近的可能结果。
1、关于基因
- ：未发现匹配的耐药基因、毒力基因或MLST等各分型等位基因（Coverage＜40%或Identity＜80%）；
^ ：表示检测到的基因与数据库基因氨基酸序列100%一致，但核苷酸序列存在SNP差异；
* ：表示检测到的基因与数据库基因氨基酸序列和核苷酸序列均未100%匹配，因此报告的结果是与核酸序列最相似的基因；
? ：表示检测到的基因与数据库基因的Coverage＜100%，即存在Indel。
.v1 .v2 ：数据库中某些基因存在多个同源序列，它们的名称一样，因此用.v1、.v2来加以区分。
-x% ：“-”后面的百分数表示从起始密码子开始hit的氨基酸长度百分比，反映截短蛋白。
请注意，在固有耐药基因突变结果中，“-” 的含义不同，并非是指没有基因，而是没有突变，除此以外“-” 均解释为没有基因。
2、关于分型（MLST、YbST、CbST、AbST、SmST、RmST）
LV ：表示有多少个等位基因数目未完全匹配；
incomplete ：代表基因簇不完整，存在等位基因缺失；
truncated：代表基因编码截短蛋白。
3、关于分型（K分型、O分型）
Kleborate的血清型数据依赖于Kaptive对结果的解释，注意K_locus_problems提示。
? ：匹配结果有多个部分，可能locus基因簇在组装结果中非连续，有多少项匹配数据看？后面的数字；
- ：与最接近的假定血清型相比，缺少locus基因；
+ ：与最接近的假定血清型相比，存在额外的locus基因；
* ：将locus基因翻译为蛋白质后，存在一个或多个蛋白质相似性低于最低阈值；
! ：存在一个或多个locus基因被截断。
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