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iTOL进化树外周条带个性化调整方法

已有 135 次阅读 2025-4-23 14:51 |系统分类:科研笔记

引言

进化树外周条带注释的样式调整(如边线与色块)可显著提升数据可视化效果。本文通过解析文献案例(示例一至示例四),系统阐述不同注释样式的实现方法,并揭晓其设计逻辑。文中所有示例均可基于iTOL工具,通过调整模板参数或网页界面操作完成。

如何添加外周条带注释参见往期文章《iTOL的三种进化树注释方式》

一、边线样式解析与调整方法

外周注释的边线分为两类:外周边线(环绕条带外缘)和样本间边线(分隔相邻样本)。以下为具体调整方法:

1. 外周边线样式调整

颜色与粗细控制

  • iTOL网页操作:添加外周注释后,在“Datasets”界面选择“Border style”,可自定义边线颜色(条带1-3的白色、黑色或同色)及粗细。

  • 模板调整:修改tol_color_strip模板中的BORDER_COLOR与BORDER_WIDTH参数,上传至iTOL即可生效。

2. 样本间边线添加

  • 需在iTOL网页中将“Complete border”选项设为“Yes”(条带4-5)。

  • 注意:iTOL模板仅支持外周边线调整,样本间边线需通过网页界面设置。

图示说明

  • 条带1-3展示了不同外周边线效果(白、黑、同色);条带4-5在1和3基础上添加了样本间边线。

1.png

图1 边线样式解析

二、色块样式解析与调整方法

色块用于区分数据类别(如基因型、表型),也可表示“有无”关系(如基因存在与否)。

1. 常规色块设置

  • iTOL网页操作:在“Datasets”界面的“Raw data”中直接编辑颜色代码,按分组赋予不同色值。

  • 模板调整:通过tol_color_strip模板的“data”字段定义颜色,并上传至iTOL。

2. “有无”关系表示

  • 统一底色法:在“Raw data”中将“absence”设为白色或灰色,或在模板中指定相同颜色代码(如#ffffff)(图1)。

  • 同色系渐变法:在“Raw data”中使用主色的浅色调表示“absence”,或在模板中单独定义浅色色值(图2)。

图示说明

  • 图2条带1-5是在图1统一底色的基础上调整为同色系渐变的结果。

2.png

图2 色块样式解析

三、文献案例解析

以下为示例一至示例四的注释样式实现逻辑,可结合上述方法实现。

1. 示例一(doi:10.3390/ijms242116017)

3.png

  • 设计:深色/浅色表示基因突变有无,启用样本间边线。

  • 方法:使用tol_color_strip模板定义双色,网页端开启“Complete border”。

2. 示例二(doi:10.1016/j.scitotenv.2023.165203)

4.png

  • 设计:多色区分样本信息、基因分类及cluster,添加样本间边线。

  • 方法:通过tol_color_strip模板定义多组色块,网页端设置黑色外周边线。

3. 示例三(doi:10.1016/j.scitotenv.2023.165203)

5.png

  • 设计:彩色区分样本信息,白色表示基因缺失,采用彩色外周边线。

  • 方法:tol_color_strip模板指定“absence”为白色,外周边线颜色与主色一致。

4. 示例四(doi:10.3389/fmicb.2023.1221428)

6.png

  • 设计:彩色表示耐药基因分类,白色表示基因有无,采用黑色外周边线+样本间边线。

  • 方法:tol_color_strip模板指定“absence”为白色,网页端启用黑色边线与样本分隔。

结语

通过灵活组合边线与色块参数,可高效实现进化树注释的多样化展示。建议优先使用iTOL网页界面进行实时调试,复杂需求则通过模板编辑批量处理。实际应用中需注意:外周边线颜色需与整体配色协调,而“有无”关系的表达应避免色彩过杂,以确保可视化结果的科学性与美观性。

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