本课程已上线密码子学院平台，链接：【课程】微生物基因组生信分析必学课程
课程简介：
本课程系统讲解微生物基因组研究的核心理论与生信分析技能，涵盖测序技术选择、比较基因组分析、进化树构建等基础理论，并提供BLAST软件操作、基因组圈图绘制、NCBI数据上传等实战指导，通过案例教学帮助研究者掌握微生物组学分析全流程关键技术。
课程大纲：
第一章：微生物基因组研究必学基础理论知识
课时1：细菌基因组测序方式：重测序、扫描图、完成图、转录组如何选择？
（1）什么是重测序？用于解决什么问题？
（2）什么是基因组草图/扫图图？
（3）如何获取完成图？
（4）一代测序、二代测序、三代测序该如何选择？
（5）怎样更有价值地使用转录组？
（6）测序方法与研究目的如何结合？
（7）基因组测序时质粒丢失现象该怎么解决？
第2节：细茵基因组研究思路和案例分享
（1）病原微生物、环境微生物、工业微生物的研究方向与组学分析方法有哪些？
（2）细菌基因组研究有哪些经典思路和有效方法？
（3）新物种紧定方法及案例分享；
（4）细菌环境适应性分析思路及案例分享。
第3节：常见的比较基因组分析方法有哪些？
（1）微生物基因组研究的热点和各类科学问题;
（2）比较基因组的文章都做了哪些分析？
（3）常见比较基因组分析方法和解决的实际问题；
（4）如何选择参考基因组？
（5）比较基因组分析常用软件、数据分析平台等资源材料分享。
第4节：什么是水平基因转移（HGT）？如何研究细菌的HGT？
（1）什么是水平基因转移（HGT）？
（2）HGT有什么生物学意义？
（3）微生物HGT研究的内容及方法有哪些？
（4）微生物HGT相关的经典案例解读。
第二章：微生物基因组生信分析必学常用操作
第1节：个人电脑上如何通过BLAST软件做比较基因组学分析？
（1）BLAST软件可以解决的各类科学问题；
（2）BLAST软件在比较基因组方面的应用场景；
（3）实战：个人电脑上用BLAST+软件找同源基因。
第2节：个人电脑上如何绘制高水平的基因组圈图？
（1）细菌基因组圈图的生物学意义和解读；
（2）真菌的比较基因组圈图解读；
（3）个人电脑上细菌基因组圈图的数据准备和实战绘图。
第3节：个人电脑上如何使用BRIG绘制比较基因组圈图？
（1）各类高水平的比较基因组圈图解读；
（2）BRIG软件的安装和环境搭建；
（3）实战：个人电脑上质粒比较基因组圈图绘制。
第4节：BRIG绘图高级使用和常见问题解决方案
（1）实战:给特征基因或片段添加备注信息；
（2）比较基因组圈图分析常见问题和产生原因分析；
（3）手把手教您处理各类报错。
第5节：微基因组上传NCBI必学要点
（1）细菌、真菌、质粒、病毒等，上传方法有什么异同？
（2）不同上传方式的区别与差异；
（3）上传过程中常遇到的问题和解决方案；
（4）上传流程和材料准备
（5）经验分享和建议
第6节：微生物进化树结构必学要点
（1）常见进化树类型有哪些？
（2）进化树的类型和展示方式代表着什么生物学意义？
（3）常见进化树软件的算法该如何选择？
（4）进化树结果解读；
（5）经验分享和建议。
第7节：微生物移动元件分析必学要点
（1）常见的移动元件类型有哪些？
（2）移动元件介导下的基因转移背后的生物学意义是怎样的？
（3）移动元件研究常用的生信分析方法有哪些？
（4）典型案例的解读；
（5）研究方法和经验分享
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