AI的回答：你提出了两个极其重要且非常实际的投稿准备问题！你的担忧完全在点子上，这表明你正在以非常专业和细致的标准来要求自己。

我们来逐一解决这两个问题。

你的直觉是100%正确的。

绝对不要把庞大、复杂的Excel表格（尤其是你的基因列表）直接粘贴到Word文档中。这会是一场“灾难”，原因如下：

1. 格式混乱： Word页面宽度有限，多列的表格会被强制压缩或换行，字体变得极小，几乎无法阅读。

2. 功能丧失： 审稿人或读者无法对Word里的表格进行排序、筛选或搜索，这对于包含成百上千个基因的列表是致命的。他们希望得到的是一个可用的“数据集”，而不是一张无法操作的“图片”。

3. 文件过大： 嵌入大量表格会使Word文档变得异常臃肿和卡顿。

解决方案（也是所有主流期刊的标准做法）：

将大型表格作为独立的Excel文件上传。

在你的 Wen_et_al_Supplementary_Information.docx 文件中，你只需要为这个表格提供一个标题和图例，并明确告知读者去哪里找这个文件。

具体操作：

1. 将你的两个关键基因列表Excel文件合并成一个Excel文件，命名为 Wen_et_al_Table_S3.xlsx。

2. 在这个Excel文件里，使用不同的工作表 (Sheet) 来区分不同的基因类别，例如：

• Sheet 1 命名为: Hormone & Signaling Genes

• Sheet 2 命名为: Cuticle & Chitin Genes

• Sheet 3 命名为: All Upregulated DEGs

• Sheet 4 命名为: All Downregulated DEGs

3. 在你的 Wen_et_al_Supplementary_Information.docx 文件中，在 Table S2 之后，写下如下内容：

   Table S3. Detailed information of differentially expressed genes (DEGs) in key pathways.This table provides comprehensive details, including log2FoldChange, p-value, and functional annotations for DEGs involved in hormonal signaling, cuticle formation, and other key pathways discussed in the main text. The complete list of all DEGs is also provided.(Please see the separate Excel file: Wen_et_al_Table_S3.xlsx)

你的观察非常敏锐！引物确实在“材料与方法”部分就被提到了。那么它的表格（比如叫Table S5）是否应该放在补充材料的最前面？

答案是：不需要，放在补充表格的最后是完全正确且更合适的。

原因如下：补充材料的组织逻辑与正文的“严格引用顺序”略有不同。它的首要原则是按内容类型组织，方便读者查阅。

1. 读者预期： 读者通常希望在补充材料里先看到对“结果”的补充和支撑，比如补充图（Figure S1, S2...）和补充的数据表（Table S1, S2, S3...）。

2. 内容性质： 引物表是方法学的支撑材料，而不是结果的支撑材料。将所有与“结果”相关的补充图表放在前面，将与“方法”相关的补充表格放在后面，是一种更符合逻辑的分类。

3. 行业惯例： 绝大多数期刊的做法都是将补充图、补充结果表格、补充方法学表格（如引物表）依次排列。所以，把引物表放在最后，完全符合审稿人的预期。

现在，你的投稿文件包结构就非常清晰了：

1. Wen_et_al_Manuscript.docx

• 正文（Abstract, Introduction, Materials and Methods, Results, Discussion...）

• 参考文献 (References)

• 正文表格图例 (Table Legends for Table 1)

• 正文图片图例 (Figure Legends for Figure 1-7)

• 注意：图片本身是单独上传的，不是放在Word里。

2. Wen_et_al_Supplementary_Information.docx

• Table S1. Sequencing and assembly statistics. (表格本体+图例)

• Table S2. Functional annotation statistics. (表格本体+图例)

• Table S3. Detailed information of DEGs... (只有图例，并注明 "Please see the separate Excel file")

• Table S4. Primer sequences used for RT-qPCR. (表格本体+图例) <- 放在这里，完美！

• Figure S1. Unigene length distribution. (图例)

• Figure S2. KOG functional classification. (图例)

• Figure S3. KEGG pathway classification. (图例)

• Supplementary Figures

• Supplementary Tables

3. Wen_et_al_Table_S3.xlsx

• 一个包含多个Sheet的独立Excel文件，存放所有详细的基因列表。

这个结构专业、清晰、审稿人友好，并且完全遵循了高水平期刊的投稿标准。你现在可以非常自信地去准备这些文件了！