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基因软件的架构

已有 3179 次阅读 2011-1-19 11:28 |个人分类:基因软件开放实验室|系统分类:科研笔记| 软件

在基因软件的应用架构中,存在“软件基因编制者”和“基因软件使用者”两大类主动交互者。
基因软件编制者,利用“软件胚胎创生工具”编制出某类软件的胚胎。
软件胚胎,就是记录了软件未来成长与运行控制机制信息的文档。
软件使用者将软件胚胎植入一个基因软件的运行平台,也就是“世界软件”。
世界软件中的核心部件是基因软件引擎,
软件胚胎一旦植入一个世界软件,就成为一个新的“软件生命”。
在引擎的管理下,软件使用者的交互行为,不但起到对软件运行过程的控制作用,而且还起到对软件结构与功能的成长控制作用。
这,就是基因软件的架构。

基因软件架构设计

 

FAQ:

0.关于基因软件研究方向问题。

[1]huangfuqiang  2011-1-19 12:30 可以结合知识工程的相关理论与思想建立起某类软件胚胎创生的知识库与相应的智能生成策略,为某类软件元架构生成打下知识论基础,研讨好胚胎创生、成长、再造的机制,抽象某类软件的关注点与相关参考量。实现软件自主性与交互性成长、演化的元机制。这方面的深入研究绝对是一个多学科交叉的格局。属于软件生产自动化方面的研究。对于软件运行可控、开发可控、架构可控、维护可控、演化可控等方面研究具有积极意义。

博主回复(2011-8-29 12:37)方向指导非常正确。

 

1.mypopsong:基因一般是固定的,或者突变。怎么构建足够灵活的架构呢?

 babituo:回复@mypopsong:没错,生物的基因靠突变来改变是困难的,但软件的基因是可以受控的,可以通过交互控制(自动控制太难,暂时不要去想)。我们如果能交互控制基因,就控制了软件生命的性状,已经很不错了。所以说,基因架构是底层足够灵活的架构。当然,要实现基因控制软件性状,可以创新的机会很多。  
 
2.关于基因架构软件研究定位问题1
 飞鱼576:个人举得您的概念应该放在架构层面。就细胞而言,每个细胞都是个体,组合在一起又是"组织"。类似电脑和集群。先实现电脑之间的"组织"化,更有实际意义?您觉得呢?
 babituo:回复@飞鱼576:是的,我一开始也是定位在架构层面的。由于是可演进的架构,对于对象级别的微架构也是适应的,您学生物信息学,应该也知道,一个细胞也是具有非常复杂的架构特征的,也是可以借鉴的。
 
 飞鱼576:回复@babituo:个人觉得定位到组织级别更容易实现。毕竟太微小的级别,观测水平达不到。很多情况无法认知。目前生物学在基因、细胞水平的研究还基本停滞。比如基因具体是如何实现表达的等。相比而言,组织学等大范围的观测更容易实现生物模拟。不是么?
 babituo:回复@飞鱼576:是的,非常对。不可能在指令级别运用基因架构模式。但可以在对象和服务级别引入基因架构模式。而且,不一定要在结构和功能层模拟实现基因的作用过程,这不是我提出的基因软件的本意。
 
 飞鱼576:回复@babituo:可能是我没表述清楚,个人觉得基因更适合指令级别。细胞对应软件。电脑对应个体。层次级别需要匹配性~
 babituo:回复@飞鱼576:一般理解基因是DNA片段,是以碱基对编写的程序。是指令级别的机制,是没错的。但软件已经不需要这样的指令级别的仿生了——本来就是了。而基因对于生命系统的整体架构的作用原理,则是生命可演进的原始出发点,其中观和宏观的架构特征,正是软件需要的仿生特征。
 babituo:回复@飞鱼576:当然,软件对基因的仿生成果还包括遗传算法。这也是微观上的应用,也不是基因软件仿生的要点。基因架构仿生是为了得到可交互式演进的软件应用系统。就像生命,一个软件就是一个生命,在演进的起源上,会很大程度取决于软件的基因。
 
 飞鱼576:回复@babituo:生物和软件的结合需要从两个方面考虑:用细胞代替CPU,用8种碱基实现8位的运算。比现在的2位运算计算量要大太多;用软件来仿生,实现软件的智能化,这也是类似AI的方向。我觉得您的研究更倾向于后一种~
 babituo:回复@飞鱼576:是,我是倾向后者,不是自动AI,而是交互式AI.也就是人机交互的协同智能,或称混合智能.和纯人工智能还不同.
 
 飞鱼576:回复@babituo:这方面的研究基础应该还是DNA的表达在细胞内是如何表达、实现功能的。目前这方面的研究成果基本为0。不是很推荐您在这方面结合~
 babituo:回复@飞鱼576:是的,我没往这方面想.
 
 飞鱼576:回复@babituo:软件仿生,建议从群落、组织。群体方面考虑。太微观的不太好。把软件当成组织中的个体来考虑更好。比如一个蜜蜂群里的蜜蜂。比一个胃里的一个细胞更适合目前的软件仿生。
babituo:回复@飞鱼576:说到群落仿生,已经不是基因仿生了,是复杂网络研究的问题,和基因架构关系不大了。基因架构主要着眼于单系统的演化,为单系统的演化建立一个底层足够灵活的架构。所以,基因架构主要在中观和宏观上应用。微观-指令和数据;中观-对象和过程;宏观-系统和服务。


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