前情提要

• NBT：QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台
• 1简介和安装Introduction&Install
• 2插件工作流程概述Workflow
• 3老司机上路指南Experienced
• 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures
• Genome Biology：人体各部位微生物组时间序列分析
• 5粪菌移植分析练习FMT
• Microbiome：粪菌移植改善自闭症
• 6沙漠土壤分析Atacama soil
• mSystems：干旱对土壤微生物组的影响
• 7帕金森小鼠教程Parkinson’s Mouse
• Cell：肠道菌群促进帕金森发生ParkinsonDisease
• 8差异丰度分析gneiss
• 9数据导入Importing data
• 10数据导出Exporting data
• 11元数据Metadata
• 12数据筛选Filtering data
• 13训练特征分类器Training feature classifiers
• 14数据评估和质控Evaluating and controlling
• 15样品分类和回归q2-sample-classifier
• 16纵向和成对样本比较q2-longitudinal
• 17鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch
• 18序列双端合并read-joining
• 19使用q2-vsearch聚类OTUs
• 20实用程序Utilities
• 21进化树推断q2-phylogeny
• 22命令行界面q2cli
• 23图形界面q2studio
• 24Python命令行模式Artifact API
• 25可用和开发中插件AvailableFuturePlugins
• 26开发新插件DevelopingPlugin
• 27语义类型Semantic

社区 Community

https://docs.qiime2.org/2020.2/community/

与QIIME 2社区保持联系并保持最新状态的方法有多种。

论坛 QIIME 2 Forum

访问QIIME 2论坛（https://forum.qiime2.org/ ）以获得QIIME 2支持，并与其他用户和开发人员讨论与QIIME 2相关的所有事情。

详者注：论坛有非常多的版块，可以帮助我们解决学习和使用中的诸多问题。

用户支持 User Support

如果需要帮助您了解在运行QIIME 2时产生的输出，请发布到此类别。其中的示例包括帮助您理解图标签，QIIME 2中使用的技术等。该类别的帖子将由QIIME 2管理员进行分类，并及时作出反馈。

技术支持 Technical Support

如果您在运行QIIME 2时遇到技术困难，则发布到该类别中。常见的困难包括安装错误，帮助解读错误消息等。此类别中的帖子将由QIIME 2管理员进行分类，并迅速做出响应。

社区插件支持 Community Plugin Support

如果您对社区插件有疑问（错误报告，技术细节等），请发布到此类别。 社区插件是未在QIIME 2 Core Distribution中分发的插件。 请注意，将来我们计划不再使用“核心发行版”的概念，在核心发行版中，所有插件均为“社区插件”。 QIIME 2管理员不会回复此类别的帖子。

一般讨论 General Discussion

如果您对微生物组科学，生物信息学或其他一般性问题，想法或主题有一般性疑问，请发布到此类别。 帖子示例包括研究设计，论文讨论等。QIIME2管理员不会对此类别的帖子进行分类。

开发人员讨论 Developer Discussion

如果您是开发人员并且有疑问，想法或建议，请发布到此类别。 此类别中的帖子将由QIIME 2主持人进行分类，并及时做出回复。

社区贡献 Community Contributions

如果您有与QIIME 2相关的贡献，请发布到此类别。示例包括教程，插件，文档翻译等。QIIME2管理员不会对该类别的帖子进行分类。 请不要在此类别中发布任何问题。

主要包括4类资源：插件(Plugins)、教程(Tutorials)、翻译(Translations)和数据资源(Data resources)。我们的中文教程就属于翻译类别。最新的分类学数据库，也可在这里查找。

公告内容 Announcements

与QIIME 2版本，出版物，研讨会等相关的公告。

其他生物信息学工具 Other Bioinformatics Tools

如果您对与QIIME 2不相关的生物信息学工具有疑问，请发布到此类别。示例包括phyloseq，mothur等。QIIME2管理员不会对该类别的帖子进行分类。

想法和建议 Ideas and Suggestions

如果您有想法或建议来更改或改进QIIME 2，请发布到此类别。QIIME 2管理员将对该类别的帖子进行分类并进行回复。

杂项 Misc

此类别包含杂项子类别，这些子类别不适用于论坛上的其他任何地方。 QIIME 2管理员不会对此类别的帖子进行分类。 请不要在此类别中发布任何问题。

保持更新 Staying updated¶

有关QIIME 2的更新，请在Twitter上关注 @qiime2 https://twitter.com/qiime2

请求功能，报告错误，提供反馈

Requesting features, reporting bugs, providing feedback

如果您想在QIIME 2中看到某些特定功能，或者发现了一个错误，或者想留下反馈，请发布到QIIME 2论坛上。在努力使QIIME 2成为微生物组分析的有用且可访问的工具时，我们感谢所有反馈。

Reference

https://docs.qiime2.org/2020.2

Evan Bolyen, Jai Ram Rideout, Matthew R. Dillon, Nicholas A. Bokulich, Christian C. Abnet, Gabriel A. Al-Ghalith, Harriet Alexander, Eric J. Alm, Manimozhiyan Arumugam, Francesco Asnicar, Yang Bai, Jordan E. Bisanz, Kyle Bittinger, Asker Brejnrod, Colin J. Brislawn, C. Titus Brown, Benjamin J. Callahan, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, John Chase, Emily K. Cope, Ricardo Da Silva, Christian Diener, Pieter C. Dorrestein, Gavin M. Douglas, Daniel M. Durall, Claire Duvallet, Christian F. Edwardson, Madeleine Ernst, Mehrbod Estaki, Jennifer Fouquier, Julia M. Gauglitz, Sean M. Gibbons, Deanna L. Gibson, Antonio Gonzalez, Kestrel Gorlick, Jiarong Guo, Benjamin Hillmann, Susan Holmes, Hannes Holste, Curtis Huttenhower, Gavin A. Huttley, Stefan Janssen, Alan K. Jarmusch, Lingjing Jiang, Benjamin D. Kaehler, Kyo Bin Kang, Christopher R. Keefe, Paul Keim, Scott T. Kelley, Dan Knights, Irina Koester, Tomasz Kosciolek, Jorden Kreps, Morgan G. I. Langille, Joslynn Lee, Ruth Ley, Yong-Xin Liu, Erikka Loftfield, Catherine Lozupone, Massoud Maher, Clarisse Marotz, Bryan D. Martin, Daniel McDonald, Lauren J. McIver, Alexey V. Melnik, Jessica L. Metcalf, Sydney C. Morgan, Jamie T. Morton, Ahmad Turan Naimey, Jose A. Navas-Molina, Louis Felix Nothias, Stephanie B. Orchanian, Talima Pearson, Samuel L. Peoples, Daniel Petras, Mary Lai Preuss, Elmar Pruesse, Lasse Buur Rasmussen, Adam Rivers, Michael S. Robeson, Patrick Rosenthal, Nicola Segata, Michael Shaffer, Arron Shiffer, Rashmi Sinha, Se Jin Song, John R. Spear, Austin D. Swafford, Luke R. Thompson, Pedro J. Torres, Pauline Trinh, Anupriya Tripathi, Peter J. Turnbaugh, Sabah Ul-Hasan, Justin J. J. van der Hooft, Fernando Vargas, Yoshiki Vázquez-Baeza, Emily Vogtmann, Max von Hippel, William Walters, Yunhu Wan, Mingxun Wang, Jonathan Warren, Kyle C. Weber, Charles H. D. Williamson, Amy D. Willis, Zhenjiang Zech Xu, Jesse R. Zaneveld, Yilong Zhang, Qiyun Zhu, Rob Knight & J. Gregory Caporaso#. Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. Nature Biotechnology. 2019, 37: 852-857. doi:10.1038/s41587-019-0209-9

译者简介

刘永鑫，博士。2008年毕业于东北农业大学微生物学专业，2014年于中国科学院大学获生物信息学博士学位，2016年中科院遗传发育所博士后出站留所任工程师。目前主要研究方向有微生物组数据分析、方法开发和科学传播。目前以第一作者(含共同)或微生物组数据分析负责人在Science、Nature Biotechnology、Cell Host & Microbe 等杂志发表论文20余篇，引用千余次。作为中国唯一单位代表参与微生物组分析平台QIIME 2开发。受邀以第一作者和/或通讯作者(含共同)在Protein & Cell、Current Opinion in Microbiology、遗传 等杂志发表微生物组研究方法综述。2017年7月创办“宏基因组”公众号，目前分享本领域相关原创文章1800余篇，代表作品有《微生物组图表解读、分析流程和统计绘图》、《QIIME2中文教程》等系列，关注人数9万+，累计阅读1400万+。

猜你喜欢

• 10000+: 菌群分析
  宝宝与猫狗 提DNA发Nature 实验分析谁对结果影响大  Cell微生物专刊 肠道指挥大脑
• 系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组  宏基因组
• 专业技能：生信宝典 学术图表 高分文章 不可或缺的人
• 一文读懂：宏基因组 寄生虫益处 进化树
• 必备技能：提问 搜索  Endnote
• 文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical
• 扩增子分析：图表解读 分析流程 统计绘图
• 16S功能预测   PICRUSt  FAPROTAX  Bugbase Tax4Fun
• 在线工具：16S预测培养基 生信绘图
• 科研经验：云笔记  云协作 公众号
• 编程模板: Shell  R Perl
• 生物科普: 肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进  细胞暗战 人体奥秘  

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外5000+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”

点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读
https://mp.weixin.qq.com/s/5jQspEvH5_4Xmart22gjMA