生物信息资源平台
以下是关于生物信息资源平台的综合整理，涵盖国内外主流平台及其功能特点，结合用户提供的搜索结果进行归纳：
一、国内生物信息资源平台
1. 国家基因库生命大数据平台（CNGBdb） 简介：
由深圳国家基因库主导，整合国内外多源数据（包括NCBI、EBI、DDBJ等），提供数据归档、共享、计算分析及可视化服务139。
核心功能： 数据归档：支持多组学数据（如基因组、转录组、单细胞、时空组学）的存储与共享，归档数据量达60PB，支撑全球642个科研单位9。
科学数据库：构建动植物多样性、微生物、疾病等领域的30+专业数据库，支持数据检索与再利用3。
分析工具：集成BLAST、安全多方计算（区块链技术）等工具，支持序列比对与隐私保护3。
国际认可：通过CoreTrustSeal认证，被国际期刊（如《Science》《Cell》）认可，支持DOI标识9。
2. 国家基因组科学数据中心（CNCB-NGDC）
核心数据库： GSA：组学原始数据归档库，我国唯一入选全球核心生物数据资源（GCBR）的数据库。 GWH/GVM：基因组与变异数据库，覆盖人类遗传、病毒等领域。 新增数据库：单细胞组学（scTWAS Atlas）、健康与疾病（CVD Atlas）等8。
国际合作：与70多家单位合作，数据被全球主要出版集团（如Springer Nature、Elsevier）引用8。
3. BioXFinder 特点：国内首个综合性生物数据检索与分析平台，解决海外数据访问慢的痛点5。
功能： 数据库覆盖：核酸、蛋白、结构、通路四大模块，含50亿+结构化数据。
分析工具：基因ID转换、生存分析、GO/KEGG富集等，支持无代码分析5。
二、国际主流生物信息资源平台
1. 综合数据库 NCBI（美国国立生物技术信息中心）：包含GenBank（核酸序列）、PubMed（文献）、GEO（基因表达数据）等核心资源，支持数据下载与工具分析（如BLAST）47。 EBI（欧洲生物信息研究所）：维护EMBL核酸数据库、UniProt（蛋白质数据）、Ensembl（基因组注释）等67。 DDBJ（日本核酸数据库）：与GenBank、EMBL共同组成国际核酸序列数据库联盟（INSD）26。
2. 肿瘤研究专用数据库 TCGA（癌症基因组图谱）：收录30+癌症的基因组、临床数据，衍生工具如cBioPortal、UCSC Xena支持可视化分析10。 ICGC（国际癌症基因组协作组）：覆盖50种癌症的基因组变异与表观遗传数据4。 COSMIC：全球最大癌症突变数据库，整合体细胞突变与药物敏感性数据10。
3. 功能分析与工具平台 GEO（基因表达综合数据库）：存储高通量基因表达数据，支持多组学数据下载410。 miRBase：miRNA序列与注释数据库，提供靶基因预测工具410。 lncRNAdb/Noncode：长非编码RNA功能与疾病关联数据库410。 KEGG/Reactome：代谢通路与信号通路分析工具，支持功能富集研究45。
三、按数据类型的分类平台
1. 核酸与基因组数据库 GenBank/EMBL/DDBJ：国际三大核酸序列库，覆盖全物种26。 BioSino：中国自主开发的核酸公共数据库，侧重本土物种6。
2. 蛋白质数据库 UniProt：蛋白质序列、功能注释的核心资源47。 PDB（蛋白质结构数据库）：收录实验解析的蛋白质三维结构26。
3. 物种专用数据库 FlyBase（果蝇）、MGD（小鼠）、ZFIN（斑马鱼）：覆盖模式生物基因组与表型数据67。
四、发展趋势与挑战 数据安全与自主性：
国际数据访问受限背景下，国内平台（如CNGBdb）通过数据本地化存储与备份（如NCBI数据镜像）保障科研连续性9。 多组学整合：单细胞、时空组学等新兴技术推动数据库向更高维度发展（如CNCB-NGDC的scTWAS Atlas）8。 AI与云计算：CNGBdb、BioXFinder等平台引入AI算法与云计算，提升数据分析效率15。
总结
生物信息资源平台呈现“多元化+专业化”趋势，国内外平台各有侧重： 国内平台：CNGBdb、CNCB-NGDC、BioXFinder等聚焦数据安全与自主服务。 国际平台：NCBI、EBI、TCGA等仍为科研主流，但需关注政策限制风险。 研究者选择建议：根据数据类型（如基因组、蛋白质）、研究领域（如肿瘤、非编码RNA）及数据安全需求综合选择平台。
以往推荐如下： 1. 分子生物标志物数据库MarkerDB 2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0 3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer 4. 人类细胞互作数据库：CITEdb 5. EMT标记物数据库：EMTome 6. EMT基因数据库：dbEMT 7. EMT基因调控数据库：EMTRegulome 8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0 9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库：RM2Target 10. 非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune 11. 值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC 12. 免疫信号通路关联的调控子数据库：ImmReg 13. 利用药物转录组图谱探索中药药理活性成分平台：ITCM 14. AgeAnno：人类衰老单细胞注释知识库 15. 细菌必需非编码RNA资源：DBEncRNA 16. 细胞标志物数据库：singleCellBase 17. 实验验证型人类miRNA-mRNA互作数据库综述 18. 肿瘤免疫治疗基因表达资源：TIGER 19. 基因组、药物基因组和免疫基因组水平基因集癌症分析平台：GSCA 20. 首个全面的耐药性信息景观：DRESIS 21. 生物信息资源平台：bio.tools 22. 研究资源识别门户：RRID 23. 包含细胞上下文信息的细胞互作数据库：CCIDB 24. HMDD 4.0：miRNA-疾病实验验证关系数据库 25. LncRNADisease v3.0：lncRNA-疾病关系数据库更新版 26. ncRNADrug：与耐药和药物靶向相关的实验验证和预测ncRNA 27. CellSTAR：单细胞转录基因组注释的综合资源 28. RMBase v3.0：RNA修饰的景观、机制和功能 29. CancerProteome：破译癌症中蛋白质组景观资源 30. CROST：空间转录组综合数据库 31. FORGEdb：候选功能变异和复杂疾病靶基因识别工具 32. Open-ST：3D高分辨率空间转录组学 33. CanCellVar：人类癌症单细胞变异图谱数据库 34. dbCRAF：人类癌症中放射治疗反应调控知识图谱 35. DDID：饮食-药物相互作用综合资源可视化和分析 36. SCancerRNA：肿瘤非编码RNA生物标志物的单细胞表达与相互作用资源 37. CancerSCEM 2.0：人类癌症单细胞表达谱数据资源 38. LncPepAtlas：探索lncRNA翻译潜力综合资源 39. SPATCH：高通量亚细胞空间转录组学平台 40. MirGeneDB 3.0：miRNA家族和序列数据库
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