和上一篇的博文对相互作用背景的介绍基本一样，还是出于对弱的短暂的相互作用这个研究方向的前景看好，我们探索是不是能让酵母双杂交这颗老树再吐几个新枝。上篇文章的链接：

http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=244733&do=blog&id=762866

酵母双杂交是一个比较好的细胞内研究蛋白相互作用的体系，这么多年了还是有很多实验室在用。有的做大规模的筛选。基本原理就不在这里耽误大家时间了。这个方法好就好在筛选文库时每个相互作用都发生不同的细胞内。强的并不能把弱的抑制住。所谓弱的可能和短暂的结合可能都是一回事，都是结合-不结合，上去-下来的轮回，不过是弱的结合的时间少，不结合的时间相对多罢了。利用营养缺陷筛选的时候，短时没有His酵母也死不了，只不过多等一会相互作用发生，待会儿再产生一点His供酵母生长而已。这样弱的相互作用在酵母细胞里产生的His会比较慢，需要的时间会比较长。这样我们就把弱的信号通过延长时间叠加起来了。如果我们让相互作用在酵母细胞里多发生一段时间，也许这些细胞就能长出来。以前我们只注意先出来的强的相互作用，反正已经足够忙活的了，弱的就不考虑了，虽然弱的可能以后看更重要。

另一个能放宽的条件是LacZ变蓝的时间。如果酶产生的少，那么变蓝的时间可能就长些。我们能不像公司的说明书那样严格限制变蓝的时间吗？甚至干脆不要这个条件吗？其实长期做酵母双杂交的实验室都发生过很多这样的事情，酵母长出来了但是不变蓝，顺手扔了算了。现在想来也许扔掉了很多能导致重要发现的线索。

假如我们把这些底线都突破了，那么什么才是标准呢？怎么确定找到的东西是对的呢？

我们建议的方法是多测序，如果见到的序列是有共性的，那么指向的这个蛋白就可能是一个相互作用蛋白。毕竟随机得到相同的序列是很难的，我们算算文库中这个序列所占的比例和您自己测序的克隆中所占的比例就知道了。好在测序越来越便宜了，多测几个如果能找到很好的共有序列，线索越是新颖越是确实越敢下功夫继续深入研究。具体的结果还是请有兴趣的老师同学看看我们在中国科技论文在线上预发表的文章吧。

还是请大家批评指正，不吝指教。有问题一起讨论。

降低酵母双杂交方法检测蛋白质相互作用假阴性率的方法

http://www.paper.edu.cn/releasepaper/content/201401-598