蛋白的分泌在调节微生物与周围环境的相互作用起很重要的作用。对于革兰氏阴性菌而言，分泌需要蛋白穿过细胞的内膜和外膜。还有很多的分泌蛋白的目的地是进入寄主细胞，因此其中的几种分泌系统包含使蛋白转膜穿过寄主细胞质膜的装置。

      图1总结了目前已知分泌系统的主要特性。对于革兰氏阴性菌，一些分泌蛋白可以通过I型、III型和IV型分泌途径一步转运穿过细胞的内外膜。而其他的蛋白第一步通过Sec途径或者Tat途径先输出到周质间隙中，然后再通过II型、V型或者极少数通过I型、IV型分泌途径穿过（translocate across)外膜。对于革兰氏阳性菌而言，分泌蛋白主要通过Sec途径或者Tat途径穿过单层的膜。但是，对于革兰氏阳性菌中的分支杆菌就非常特殊，分泌蛋白是通过一个独特的VII途径穿过细胞壁和细胞质膜的，目前还不十分确定这个过程是否是一步还是两步来完成。